Pertanyaan yang diberi tag «computational-chemistry»

Baru-baru ini saya menemukan formulasi dari fenomena-meta : " dua itu mudah, tiga itu sulit " (diucapkan seperti ini oleh Federico Poloni), yang dapat dijelaskan, sebagai berikut: Ketika masalah tertentu dirumuskan untuk dua entitas, itu relatif mudah untuk diselesaikan; Namun, algoritma untuk formulasi tiga entitas meningkat dalam kesulitan luar biasa, …

29 linear-algebra  computational-physics  computational-geometry  computational-chemistry 

Anda akhirnya berhasil mengetahui bagaimana atom diatur secara spasial pada entitas molekuler Anda yang baru ditemukan. Melalui, katakanlah, sarana spektroskopi, Anda sekarang memiliki banyak koordinat atom, tipe atom, panjang ikatan, jenis ikatan, dan yang lainnya untuk molekul Anda. Anda sekarang tertarik untuk menentukan kelompok titik (grup simetri) dari molekul Anda. …

17 computational-chemistry 

Saya membaca tentang ilmu komputasi di Wikipedia, tetapi pemahaman saya tidak begitu jelas. Apakah ilmu komputasi melibatkan pemrograman? Seberapa berbeda ilmu komputasi dengan komputasi _ ____ , di mana yang kosong bisa berupa disiplin apa saja (ilmu material, teknik, kimia, biologi, dan sebagainya)? (Saya akan melakukan ilmu material komputasi.)

16 computational-chemistry  education 

Secara khusus saya ingin memperluas pekerjaan yang melibatkan B3LYP dimulai dengan Gaussian 03 tetapi dilanjutkan dengan GAMESS-AS. Energi yang disediakan oleh metode B3LYP default tidak sama. Ada diskusi tentang ini di manual GAMESS-AS (bagian Informasi Lebih Lanjut): Perhatikan bahwa B3LYP dalam GAMESS sebagian didasarkan pada fungsi korelasi gas elektron VWN5. …

15 computational-chemistry  density-functional-theory 

Apa sebenarnya koreksi balasan? Bisakah Anda menjelaskan kapan dibutuhkan dan mengapa?

15 computational-chemistry  basis-set 

Apakah ada kasus di mana Hartree-Fock bukanlah pendekatan yang baik untuk menghitung geometri keseimbangan ketika molekul berada dalam kondisi tidak mengikat?

14 computational-chemistry  hartree-fock 

Saya baru dalam pemrograman dan saya mencoba untuk menyelesaikan masalah besar pertama saya dan menulis program besar pertama saya. Saya telah mencari contoh kode sumber terbuka untuk dipelajari, tetapi sejauh ini hanya menemukan kode dalam bahasa yang tidak sepenuhnya saya pahami atau yang terkait tetapi masih terlalu jauh untuk saya …

12 computational-chemistry  python  visualization 

Protein biasanya direpresentasikan dalam bentuk kartun, dengan lembaran β sebagai panah dan heliks α sebagai gulungan: Saya bertanya-tanya, apakah ada suatu tempat referensi yang menggambarkan konstruksi representasi ini? Yaitu, objek matematika apa yang digunakan untuk membangun grafik ini, dan pada atom / arah mana mereka dibangun?

12 computational-chemistry  visualization 

Apakah ada algoritma yang menyebutkan grafik yang sesuai dengan beberapa titik tunda Delaunay dalam 3D? Jika ya, adakah parameterisasi geometri efisien yang sesuai dengan "grafik Delaunay"? Saya mencari untuk menghitung secara sistematis semua geometri molekul yang stabil dari komposisi tertentu tanpa pengetahuan apriori tentang ikatan dll. EDIT: Biarkan menjadi himpunan …

12 algorithms  computational-chemistry  delaunay-triangulation 

Saya menghasilkan gambar 1d dan 2d menggunakan Matlab sekarang untuk perbandingan akurasi terhadap model yang diberikan. Saya perlu membandingkan metode saya dengan model Gaussian .wfn standar dan saya akan melakukannya dengan menganalisis kepadatan molekul serta laplacian. Saya tertarik untuk menghasilkan gambar 2-D dari perbedaan perkiraan saya dengan perkiraan .wfn (mungkin …

11 matlab  computational-chemistry  publications 

Saya ingin memvisualisasikan getaran molekuler yang bukan mode normal. Saya ingin menyajikan representasi statis gerakan vektor, dan saya ingin beberapa fleksibilitas dalam gaya vektor (ukuran, warna dll). Saya juga tertarik untuk menghasilkan video getaran. Apa sajakah sumber daya yang baik untuk menampilkan getaran molekuler? Preferensi saya adalah untuk alat open …

11 computational-chemistry 

Dalam metode medan konsisten-sendiri Hartree-Fock dalam menyelesaikan persamaan Schroedinger elektronik yang tidak tergantung waktu, kami berupaya meminimalkan energi keadaan dasar, , dari sistem elektron dalam bidang eksternal berkenaan dengan pilihan putaran orbital, . { χ i }E0E0E_{0}{χi}{χi}\{\chi_{i}\} Kami melakukan ini dengan secara iteratif menyelesaikan persamaan Hartree-Fock 1-elektron, mana adalah spin …

10 computational-chemistry  iterative-method  convergence  hartree-fock 

Beberapa set dasar dikatakan "konsisten dengan korelasi". Apa artinya itu dalam praktik?

10 computational-chemistry  basis-set