Memvisualisasikan grafik dengan sejuta simpul

Apa alat terbaik yang digunakan untuk memvisualisasikan (menggambar simpul dan tepi) grafik dengan 10.00000 simpul? Ada sekitar 50.000 tepi dalam grafik. Dan saya dapat menghitung lokasi masing-masing simpul dan tepi.

Saya sedang berpikir tentang menulis sebuah program untuk menghasilkan svg. Ada saran lain?

Saya juga menyarankan Gephiperangkat lunak ( https://gephi.github.io ), yang tampaknya cukup kuat. Beberapa informasi tambahan tentang penggunaan Gephidengan jaringan besar dapat ditemukan di sini dan, lebih umum, di sini . Cytoscape( http://www.cytoscape.org ) adalah alternatif untuk Gephi, menjadi platform populer lainnya untuk analisis dan visualisasi jaringan yang kompleks.

Jika Anda ingin bekerja dengan jaringan secara terprogram (termasuk visualisasi) dalam R, Python atau C / C ++, Anda dapat memeriksa igraphkoleksi perpustakaan. Ngomong-ngomong tentang R, Anda mungkin menemukan tulisan blog berikut yang menarik: menggunakan R dengan Cytoscape ( http://www.vesnam.com/Rblog/viznets1 ) dan menggunakan R dengan Gephi ( http://www.vesnam.com/ Rblog / viznets2 ).

Untuk daftar ekstensif dari analisis jaringan dan perangkat lunak visualisasi , termasuk beberapa perbandingan dan ulasan, Anda mungkin ingin memeriksa halaman berikut: 1) http://wiki.cytoscape.org/Network_analysis_links ; 2) http://www.kdnuggets.com/software/social-network-analysis.html ; 3) http://www.activatenetworks.net/social-network-analysis-sna-software-review .

https://gephi.github.io/ mengatakan dapat menangani sejuta tepi. Jika grafik Anda memiliki 10.00000 simpul dan hanya 50.000 tepi maka sebagian besar simpul Anda tidak akan memiliki tepi apa pun.

Faktanya, spesifikasi Gephi adalah dua dari contoh Anda: "Jaringan hingga 50.000 node dan 1.000.000 tepi"

Saya pikir, yang Gephibisa menghadapi masalah kekurangan memori, Anda membutuhkan setidaknya 8Gb RAM. Padahal jumlah ujungnya tidak terlalu besar.

Mungkin, alat yang lebih tepat dalam hal ini adalah GraphViz. Ini adalah alat baris perintah untuk visualisasi jaringan, dan mungkin akan lebih toleran terhadap ukuran grafik. Selain itu, seingat saya, di GraphVizdalamnya dimungkinkan untuk menggunakan koordinat yang sudah dikomputasi untuk memfasilitasi perhitungan.

Saya sudah mencoba menemukan contoh penggunaan dunia nyata GraphVizdengan grafik besar, tetapi tidak berhasil. Padahal saya menemukan diskusi serupa tentang Ilmu Komputasi .

Melaporkan kembali: Saya akhirnya coding codingml dan menggunakan yEd untuk visualisasi (hanya karena saya terbiasa dengan kombinasi ini. Saya yakin gephi atau graphviz akan berfungsi dengan baik dan bahkan mungkin lebih baik). Karena saya menghitung lokasi semua node, memori bukanlah masalah besar. Coding graphml sedikit lebih mudah dibandingkan dengan coding svg, karena saya tidak harus secara eksplisit menentukan penempatan edge.

PajekXXL dirancang untuk menangani jaringan yang sangat besar. Tapi Pajek juga semacam program aneh dengan antarmuka yang tidak intuitif.

Saya akan merekomendasikan untuk menggunakan Graphexp. Gephi sangat tergantung pada RAM komputer Anda yang jelas terbatas. Graphexp di sisi lain hanya menampilkan jumlah Node yang terbatas, yang melaluinya Anda dapat menavigasi ke node lain. Saya telah memvisualisasikan grafik dengan 700 Juta simpul menggunakan Graphexp sebagai UI dan Janusgraph dengan HBase sebagai penyimpanan back-end. https://github.com/bricaud/graphexp

Lihatlah Graphistry , mereka dapat menangani node dan tepi 1Mil.