Masalah semacam ini sering kali disebabkan oleh mencoba menarik dari repositori yang memiliki dua nama file yang hanya berbeda dalam kasus. Jika Anda menggunakan FAT, NTFS dalam mode case-insensitive (pada dasarnya, kapan pun itu digunakan pada Windows), atau HFS + dalam mode case-insensitive, dan memiliki dua file "foobar" dan "FOOBAR", maka Git akan melihat dua yang berbeda file, tetapi sistem file hanya akan melihat satu file, yang akan menyebabkan berbagai macam masalah. Git akan melakukan checkout, katakanlah, "FOOBAR", dan kemudian "foobar", yang dilihat oleh filesystem hanya dengan mengganti konten "FOOBAR" tetapi membiarkannya di tempatnya. Sekarang bagi Git, tampaknya "FOOBAR" telah diganti dengan konten "foobar", dan "foobar" telah hilang.
Ada dua manifestasi berbeda dari masalah dasar ini. Salah satunya adalah ketika repositori Anda sebenarnya berisi dua file yang hanya berbeda dalam kasus. Dalam kasus ini, Anda perlu bekerja pada sistem file case-sensitive, atau Anda perlu mengedit repositori untuk memastikan bahwa tidak ada benturan semacam ini yang terjadi; sistem file case-insensitive tidak dapat menyimpan konten repositori ini.
Kasus lain yang dapat Anda atasi adalah saat terjadi penggantian nama yang mengubah kasus file. Misalnya, repositori Git berisi penggantian nama dari "EXAMPLE" menjadi "example". Sebelum Git memeriksa versi baru, Git akan mencoba dan memeriksa untuk memastikan itu tidak menimpa beberapa file yang ada yang Anda miliki di disk Anda. Karena ia mengira bahwa "contoh" adalah nama file baru, ia akan menanyakan sistem berkas apakah itu ada, dan sistem berkas akan melihat "CONTOH" dan berkata ya, jadi Git akan menolak untuk memeriksa versi baru karena menurutnya itu akan menimpa file yang tidak terlacak. Dalam hal ini, jika Anda tidak memiliki perubahan lokal yang Anda pedulikan, sederhanagit reset --hard <revision-to-checkout>umumnya akan cukup untuk membuat Anda melewati masalah dan ke revisi baru. Coba dan ingat untuk tidak mengganti nama file ke nama lain yang berbeda hanya jika Anda menggunakan sistem file yang tidak peka huruf besar / kecil, karena akan menyebabkan masalah seperti ini.