Saya telah menjalankan GROMACS kode dinamika molekul (MD) pada cluster Linux Ubuntu yang terdiri dari node yang berisi 24 CPU Intel Xeon. Titik perhatian saya ternyata agak sensitif terhadap presisi aritmatika floating point, jadi saya harus menjalankan GROMACS dalam presisi ganda daripada presisi tunggal - meskipun biaya komputasi presisi ganda lebih tinggi. Jadi pada cluster, saya telah mengkompilasi GROMACS dalam presisi ganda.
Saya sedang mempertimbangkan untuk membeli beberapa GPU, karena mungkin ada kecepatan relatif ("akselerasi GPU") ke CPU. Namun, saya membutuhkan GPU yang memungkinkan saya melakukan aritmatika presisi ganda. Apakah Anda tahu jika perangkat keras tersebut tersedia secara komersial? Sebuah posting baru pada milis Gromacs menunjukkan bahwa GPU presisi ganda tidak tersedia secara komersial:
Perangkat keras tidak mendukungnya [aritmatika presisi ganda] namun AFAIK.
Halaman Wikipedia ini tampaknya menunjukkan bahwa GPU presisi ganda jarang terjadi karena mungkin tidak efisien:
Implementasi floating point pada GPU Nvidia sebagian besar sesuai dengan IEEE; Namun, ini tidak benar di semua vendor. Ini memiliki implikasi untuk kebenaran yang dianggap penting untuk beberapa aplikasi ilmiah. Sementara nilai floating point 64-bit (float presisi ganda) umumnya tersedia pada CPU, ini tidak didukung secara universal pada GPU; beberapa arsitektur GPU mengorbankan kepatuhan IEEE sementara yang lain tidak memiliki ketepatan ganda sama sekali. Ada upaya untuk meniru nilai floating point presisi ganda pada GPU; Namun, pengorbanan kecepatan meniadakan manfaat apa pun untuk membongkar komputasi ke GPU.
Ini Halaman NVIDIA Tesla , di referensi "Puncak presisi ganda kinerja floating point" pada grafik, tampaknya menunjukkan bahwa perhitungan presisi ganda dapat , pada kenyataannya, dilakukan pada GPU mereka (meskipun pada biaya komputasi yang lebih tinggi).
Jadi, apa yang harus saya percayai? Apakah Anda punya pengalaman dengan masalah ini?