Pertanyaan yang diberi tag «reproducibility»

Di salah satu makalah saya, saya mencantumkan beberapa hasil numerik di samping beberapa angka. Yang ingin saya lakukan adalah memastikan bahwa hasil numerik dalam makalah saya selalu setuju dengan kode. Saat ini, saya hanya langsung menyalin hasil numerik dari hasil simulasi saya ke dalam kertas, yang sangat sederhana dan berteknologi …

34 software  documentation  reproducibility 

Reproduksibilitas menjadi semakin penting dalam penelitian sains komputasi. (Sebagai contoh, lihat artikel ini oleh Roger Peng di Science ; Saya juga mengetahui artikel dan situs web seperti itu.) Namun, tidak jelas bagi saya berapa banyak informasi yang harus saya sertakan dengan artikel jurnal (atau online) untuk membuat penelitian komputasional saya …

23 software  publications  documentation  reproducibility 

Penelitian yang dapat direproduksi dalam perhitungan bertujuan untuk membuat kode yang diperlukan untuk menghasilkan hasil dalam makalah komputasi yang tersedia bagi peneliti lain sehingga mereka dapat menjalankan kode ini untuk mereproduksi hasil dalam makalah itu. Saya ingin membuat semua penelitian saya dapat direproduksi, tetapi saya menghadapi sedikit hambatan: beberapa makalah …

19 software  publications  documentation  reproducibility 

Pengurangan paralel mengasumsikan bahwa operasi yang sesuai adalah asosiatif. Asumsi ini dilanggar karena penambahan angka floating point. Anda mungkin bertanya mengapa saya peduli tentang ini. Yah, itu membuat hasil yang kurang dapat direproduksi. Dan menjadi lebih buruk ketika anil simulasi digunakan untuk mengoptimalkan (atau menyesuaikan parameter) dibandingkan subrutin yang menghasilkan …

17 parallel-computing  reproducibility 

Saya menulis sebuah program / perpustakaan yang saya gunakan untuk mendapatkan hasil dalam sebuah artikel. (Di sini adalah , tapi pertanyaan saya adalah umum.) Saya harus tes yang saya jalankan secara teratur menggunakan ctest(dibutuhkan beberapa menit untuk berjalan). Untuk mereproduksi beberapa tabel atau angka dalam artikel, saya harus membuat skrip …

15 reproducibility 

Saya sedang menulis makalah yang dapat direproduksi, dan makalah ini memiliki hasil komputasi yang dihasilkan oleh skrip Python (skrip MATLAB serupa menghasilkan hasil yang hampir identik). Saya merasa bahwa makalah ini akan lebih mudah dipahami oleh pembaca jika mereka dapat mencocokkan perhitungan di koran dengan perhitungan dalam kode. Karya ini …

14 python  software  reproducibility 

Physics, biology, chemistry etc. have different sets of rules for making experiments: what events are considered relevant, how to avoid contamination of samples, how to create and fix a reproducing process and so on. What are standards, protocols and best practices in ensure accuracy and reproducibility in numerical experiments?

13 benchmarking  reproducibility  experiment 

Biasanya, saya menulis kode seri, dan ketika saya melakukannya, saya menulis unit test dengan beberapa kerangka pengujian gaya xUnit (MATLAB xUnit, PyUnit / nose, atau kerangka pengujian C ++ Google). Berdasarkan pencarian Google sepintas, saya belum melihat banyak tentang bagaimana praktisi menguji kode yang menggunakan MPI. Apakah ada praktik terbaik …

13 parallel-computing  petsc  mpi  testing  reproducibility 

Apakah ada daftar praktik terbaik yang dipublikasikan untuk memastikan umur kode yang panjang, dengan pandangan terhadap hasil ilmiah yang dapat direproduksi? (mis. open source, praktik dokumentasi, memilih dependensi, memilih bahasa, mesin virtual, dll). Tahu ada studi (atau kurang itu, contoh / anekdot) yang telah mencoba memperkirakan paruh waktu kode ilmiah …

11 software  publications  reproducibility