Pertanyaan yang diberi tag «molecular-dynamics»

Saya telah menjalankan GROMACS kode dinamika molekul (MD) pada cluster Linux Ubuntu yang terdiri dari node yang berisi 24 CPU Intel Xeon. Titik perhatian saya ternyata agak sensitif terhadap presisi aritmatika floating point, jadi saya harus menjalankan GROMACS dalam presisi ganda daripada presisi tunggal - meskipun biaya komputasi presisi ganda …

17 hpc  floating-point  molecular-dynamics  gpu 

Saya ingin tahu apakah ada cara cepat untuk menghitung jarak Euclidean dari dua vektor dalam Oktaf. Sepertinya tidak ada fungsi khusus untuk itu, jadi haruskah saya menggunakan rumus saja sqrt?

16 octave  discretization  nonlinear-equations  newton-method  visualization  fluid-dynamics  mesh-generation  finite-element  finite-volume  optimization  algorithms  approximation  fluid-dynamics  navier-stokes  comsol  modeling  optimization  sparse-matrix  matrix  condition-number  visualization  matlab  quadrature  blas  intel-mkl  finite-element  gpu  discontinuous-galerkin  mathematica  optimization  convex-optimization  algorithms  reference-request  matlab  statistics  finite-element  numerical-analysis  petsc  molecular-dynamics  machine-learning  statistics  visualization  open-source  statistics  image-processing  visualization  python  petsc  finite-element  fluid-dynamics  stability  navier-stokes  incompressible 

Saya menjalankan simulasi dinamika molekul (MD) menggunakan beberapa paket perangkat lunak, seperti Gromacs dan DL_POLY. Gromacs sekarang mendukung algoritma dekomposisi partikel dan domain dekomposisi. Secara default, simulasi Gromacs menggunakan dekomposisi domain, meskipun selama bertahun-tahun, hingga saat ini, dekomposisi partikel adalah satu-satunya metode yang diterapkan dalam Gromacs. Dalam salah satu makalah …

15 parallel-computing  efficiency  molecular-dynamics  simulation 

Saya baru dalam simulasi dinamika molekul (MD). Apa kompleksitas simulasi dinamika molekul dalam hal waktu simulasi? Dengan kata lain, jika saya ingin meningkatkan waktu simulasi dari 10 nanodetik ke 20 nanodetik, apa yang bisa saya harapkan dalam hal peningkatan runtime?

14 molecular-dynamics  complexity 

Dalam suatu sistem di mana energi secara teoritis harus dilestarikan, simulasi yang paling akurat akan menghemat energi (serta memberikan posisi, kecepatan, dan lain-lain yang akurat). RK4 lebih akurat daripada leapfrog, namun leapfrog menghemat energi dan RK4 tidak. Kenapa ini?

13 computational-physics  time-integration  molecular-dynamics  runge-kutta 

Saya menjalankan simulasi dinamika molekul air untuk tujuan pengujian. Kotaknya cukup kecil, jika Anda bertanya kepada seorang pria yang menjalankan MD klasik, dan relatif besar, jika Anda bertanya kepada seorang pria DFT: Saya memiliki 58 molekul air dalam kondisi batas periodik. Untuk menghemat waktu CPU, saya mengoptimalkan sel saya dengan …

9 molecular-dynamics  density-functional-theory