Ilmu Komputasi

Saya bertanya-tanya apakah ada metode cepat dan efisien untuk menemukan jumlah bukan nol di muka untuk operasi perkalian matriks jarang dengan asumsi kedua matriks dalam format CSC atau CSR. Saya tahu ada satu dalam paket smmp tapi saya butuh sesuatu yang sudah diimplementasikan dalam C atau C ++. Bantuan apa …

17 matrix  sparse-matrix 

Pengurangan paralel mengasumsikan bahwa operasi yang sesuai adalah asosiatif. Asumsi ini dilanggar karena penambahan angka floating point. Anda mungkin bertanya mengapa saya peduli tentang ini. Yah, itu membuat hasil yang kurang dapat direproduksi. Dan menjadi lebih buruk ketika anil simulasi digunakan untuk mengoptimalkan (atau menyesuaikan parameter) dibandingkan subrutin yang menghasilkan …

17 parallel-computing  reproducibility 

Suatu hari, instruktur dinamika fluida komputasional saya tidak hadir dan dia mengirimkan kandidat doktoralnya untuk menggantikannya. Dalam ceramah yang dia berikan, dia tampaknya menunjukkan beberapa kelemahan yang terkait dengan berbagai skema diskritisasi untuk simulasi aliran fluida: Metode Perbedaan Hingga: Sulit untuk memenuhi konservasi dan untuk menerapkan geometri tidak teratur Metode …

17 fluid-dynamics 

Saya memiliki fungsi 2-D non-cembung terbatas yang ingin saya temukan minimum. Fungsinya cukup lancar. Mengevaluasi itu mahal. Kesalahan yang dapat diterima adalah sekitar 3% dari domain fungsi di setiap sumbu. Saya mencoba menjalankan implementasi algoritma DIRECT di perpustakaan NLOPT, tetapi tidak memberikan peningkatan yang cukup besar terhadap pencarian brute force …

17 optimization 

Dalam literatur metode numerik, banyak makalah penelitian terdiri dari deskripsi variasi algoritme baru, diikuti oleh beberapa masalah tes membandingkan metode baru dengan satu atau dua metode yang ada. Ini membuatnya sulit untuk ditentukan Bagaimana metode baru akan dilakukan pada masalah lain yang menarik Bagaimana metode baru akan dibandingkan dengan metode …

17 pde  testing 

Saya selalu menghitung hal-hal dengan tangan, tetapi sekarang kawan-kawan saya menjadi jahat dan membuat banyak latihan berulang yang melibatkan hanya memasukkan hal-hal seperti ungkapan di atas. Saya terutama tertarik pada perangkat lunak sumber terbuka seperti Python atau R untuk menyederhanakan persamaan semacam ini. Saya mencoba menggunakan Wolfram Alpha , tetapi …

17 education  symbolic-computation 

Bahasa C ++ menyediakan pemrograman generik dan metaprogramming melalui template. Teknik-teknik ini telah menemukan jalan mereka ke banyak paket komputasi ilmiah skala besar (misalnya, MPQC , LAMMPS , CGAL , Trilinos ). Tetapi apa yang sebenarnya mereka sumbangkan dalam komputasi ilmiah dalam nilai yang melampaui bahasa non-generik, non-meta seperti C …

17 performance  c++  programming-paradigms 

Ketika perhitungan terbatas bandwidth memori dilakukan dalam lingkungan memori bersama (mis. Berulir melalui OpenMP, Pthreads, atau TBB), ada dilema tentang bagaimana memastikan bahwa memori didistribusikan dengan benar di seluruh memori fisik , sehingga masing-masing thread kebanyakan mengakses memori pada sebuah bus memori "lokal". Meskipun antarmuka tidak portabel, sebagian besar sistem …

17 performance  memory-management  multicore 

Pertimbangkan IVP untuk sistem ODE , . Paling umum masalah ini dianggap kaku ketika matriks Jacobi memiliki kedua nilai eigen dengan bagian nyata negatif yang sangat besar dan nilai eigen dengan bagian nyata negatif yang sangat kecil (saya menganggap hanya bagian stabil kasus).y ( x 0 ) = y 0 …

17 ode  stiffness 

Saya berencana menggunakan multigrid untuk menghitung beberapa nilai eigen dan vektor, dan saya perhatikan PETSc memiliki dukungan tingkat tinggi untuk multigrid. Dokumentasi PETSc mengatakan bahwa bagian PETSc ini tidak boleh digunakan, karena akan segera diganti. Perpustakaan lain mana yang memiliki dukungan tingkat tinggi untuk multigrid, dan kira-kira seberapa cepat PETSc …

17 petsc  libraries  multigrid 

Kembali ke awal OS X, tampaknya ada banyak keriuhan, setidaknya di dunia Mac (saya tidak berada di dekat komputasi ilmiah pada saat itu) tentang Mac OS sebagai platform untuk komputasi ilmiah dan aplikasi HPC. XGrid keluar dari kotak, Virginia Tech memiliki cluster komputasi berbasis Mac yang mewah, Stanford melakukan hal-hal …

17 software  hpc 

Mengembangkan algoritma ilmiah adalah proses yang sangat berulang sering melibatkan perubahan banyak parameter yang saya ingin bervariasi baik sebagai bagian dari desain eksperimen saya atau sebagai bagian dari mengutak-atik kinerja algoritma. Strategi apa yang dapat saya ambil untuk menyusun parameter ini sehingga saya dapat dengan mudah mengubahnya di antara iterasi …

17 algorithms  testing  programming-paradigms 

Tesis saya adalah mengembangkan metode numerik untuk pengurangan model dalam pembakaran. Saya menjalankan metode saya murni pada bagian kimia dari simulasi pembakaran, dan saya punya banyak studi kasus untuk simulasi 0-D (tidak ada aliran). Yang saya inginkan adalah menjalankan simulasi yang memiliki aliran di dalamnya, lebih disukai simulasi 2-D atau …

17 pde  fluid-dynamics  software  parallel-computing 

Workgroup kami menghasilkan aplikasi desktop yang mensimulasikan kinerja energi gedung. Ini adalah aplikasi .NET dan ketika pengguna menjalankan banyak simulasi, mereka bisa sangat memakan waktu. Simulasi sepenuhnya dapat diparalelkan, dan kami memiliki beberapa sumber daya komputasi HPC yang sangat signifikan di "kantor". Satu ide yang kami miliki adalah untuk memungkinkan …

17 hpc  partitioning 

Anda akhirnya berhasil mengetahui bagaimana atom diatur secara spasial pada entitas molekuler Anda yang baru ditemukan. Melalui, katakanlah, sarana spektroskopi, Anda sekarang memiliki banyak koordinat atom, tipe atom, panjang ikatan, jenis ikatan, dan yang lainnya untuk molekul Anda. Anda sekarang tertarik untuk menentukan kelompok titik (grup simetri) dari molekul Anda. …

17 computational-chemistry