Ilmu Komputasi

Latar belakang saya adalah genomik, tetapi saya baru-baru ini bekerja dengan masalah yang berkaitan dengan struktur protein. Saya menulis beberapa program yang relevan di C, membangun parser file PDB saya sendiri dari awal dalam proses. Saya tidak khawatir membuat parser yang benar-benar kuat, saya hanya tahu bahwa membuat parser sendiri …

17 computational-biology  pdb  c 

Saya tahu bahwa metode Nitsche adalah metode yang sangat menarik karena memungkinkan untuk memperhitungkan kondisi batas tipe Dirichlet atau kontak dengan kondisi batas gesekan dengan cara yang lemah tanpa menggunakan pengganda Lagrange. Dan keuntungannya, yaitu mengubah kondisi batas Dirichlet menjadi istilah lemah seperti halnya kondisi batas Neumann, dibayar oleh fakta …

17 finite-element  boundary-conditions  elliptic-pde  nitsche-method 

Saya telah belajar tentang Metode Elemen Hingga (juga sedikit tentang metode numerik lainnya) tetapi saya tidak tahu apa sebenarnya definisi dari dua kesalahan dan perbedaan di antara mereka?

16 finite-element  numerical-analysis  error-estimation 

Saya sadar bahwa membalikkan matriks untuk menyelesaikan sistem linear bukanlah ide yang baik, karena itu tidak seakurat dan seefisien langsung memecahkan sistem atau menggunakan LU, Cholesky atau penguraian QR. Namun, saya belum dapat memeriksa ini dengan contoh praktis. Saya telah mencoba kode ini (dalam MATLAB) M = 500; A = …

16 matrix  accuracy  inverse 

Untuk tujuan pengajaran, saya membutuhkan fungsi kontinu dari satu variabel yang "sulit" untuk diperkirakan dengan polinomial, yaitu seseorang akan membutuhkan kekuatan yang sangat tinggi dalam rangkaian daya untuk "menyesuaikan" fungsi ini dengan baik. Saya bermaksud menunjukkan kepada siswa saya "batas" dari apa yang dapat dicapai dengan seri daya. Saya berpikir …

16 interpolation 

Karena pertanyaan ini terkait dengan perhitungan, saya memutuskan untuk memposting di sini. Semoga itu akan dipandang tepat. Saya baru saja mulai menjalankan model atmosfer dan samudera, dan saya menyadari bahwa saya membutuhkan lebih banyak inti, memori, dan ruang disk daripada yang dimiliki desktop saya saat ini. Lembaga saya memiliki layanan …

16 hpc 

Saya ingin tahu apakah ada cara cepat untuk menghitung jarak Euclidean dari dua vektor dalam Oktaf. Sepertinya tidak ada fungsi khusus untuk itu, jadi haruskah saya menggunakan rumus saja sqrt?

16 octave  discretization  nonlinear-equations  newton-method  visualization  fluid-dynamics  mesh-generation  finite-element  finite-volume  optimization  algorithms  approximation  fluid-dynamics  navier-stokes  comsol  modeling  optimization  sparse-matrix  matrix  condition-number  visualization  matlab  quadrature  blas  intel-mkl  finite-element  gpu  discontinuous-galerkin  mathematica  optimization  convex-optimization  algorithms  reference-request  matlab  statistics  finite-element  numerical-analysis  petsc  molecular-dynamics  machine-learning  statistics  visualization  open-source  statistics  image-processing  visualization  python  petsc  finite-element  fluid-dynamics  stability  navier-stokes  incompressible 

Baru-baru ini saya telah membandingkan berbagai pemecah non-linear dari scipy dan sangat terkesan dengan contoh Newton-Krylov dalam Scipy Cookbook di mana mereka memecahkan persamaan persamaan diferensial orde dua dengan istilah reaksi non-linear dalam sekitar 20 baris kode. Saya memodifikasi kode contoh untuk menyelesaikan persamaan Poisson non-linear ( juga disebut persamaan …

16 python  nonlinear-equations  poisson  scipy 

Saya seorang penganjur besar pengembangan yang digerakkan oleh tes dalam komputasi ilmiah. Utilitas dalam praktiknya hanya mengejutkan, dan benar-benar mengurangi masalah klasik yang diketahui pengembang kode. Namun, ada kesulitan yang melekat dalam pengujian kode ilmiah yang tidak ditemukan dalam pemrograman umum, sehingga teks TDD tidak terlalu berguna sebagai tutorial. Sebagai …

16 testing 

Tenang banyak wawasan yang bisa didapat dari pengalaman, saya hanya ingin tahu apakah ada yang melihat sesuatu yang mirip dengan ini sebelumnya. Plot menunjukkan kondisi awal (hijau) untuk persamaan advection-difusion, kemudian solusi pada iterasi 200 (biru) dan kemudian lagi pada iterasi 400 (merah). Solusi dari persamaan advection-difusion meledak setelah beberapa …

16 numerical-analysis  advection-diffusion 

Saya ingin mandiri dari perangkat lunak komersial untuk karya ilmiah saya. Saya menemukan ketergantungan suatu paket komersial seperti Matlab dan kotak alatnya tidak memuaskan, karena saya tidak tahu apakah saya akan memiliki akses ke Matlab di masa depan, dan karena saya tidak suka bahasanya. Karena itu, saya mencari alternatif. Untungnya, …

16 python  machine-learning 

Ini mungkin pertanyaan tingkat siswa tetapi saya tidak bisa membuatnya jelas untuk diri saya sendiri. Mengapa lebih akurat menggunakan kisi-kisi tidak seragam dalam metode numerik? Saya berpikir dalam konteks beberapa metode beda hingga untuk PDE dari bentuk . Dan anggap saya tertarik pada solusi pada titik . Jadi, saya dapat …

16 pde  finite-difference 

Hal yang saya paling tidak suka tentang MPI adalah berurusan dengan tipe data (yaitu peta data / topeng) karena mereka tidak cocok dengan C + berorientasi objek. boost::mpiNamun, hanya mendukung MPI 1.1 dari situs web mereka: boost :: mpi adalah antarmuka ramah C ++ ke Antarmuka Lulus Pesan standar ... …

16 hpc  c++  mpi 

Saya membaca tentang ilmu komputasi di Wikipedia, tetapi pemahaman saya tidak begitu jelas. Apakah ilmu komputasi melibatkan pemrograman? Seberapa berbeda ilmu komputasi dengan komputasi _ ____ , di mana yang kosong bisa berupa disiplin apa saja (ilmu material, teknik, kimia, biologi, dan sebagainya)? (Saya akan melakukan ilmu material komputasi.)

16 computational-chemistry  education 

Dalam pemrograman perhitungan matriks padat, apakah ada alasan untuk memilih tata letak baris-utama dari lebih dari tata letak kolom-utama? Saya tahu bahwa tergantung pada tata letak matriks yang dipilih, kita perlu menulis kode yang sesuai untuk menggunakan memori cache secara efektif untuk keperluan kecepatan. Tata letak baris-utama tampaknya lebih alami …

16 matrix  fortran