Pertanyaan yang diberi tag «lme4-nlme»

Saya mencoba memahami kapan harus menggunakan efek acak dan kapan itu tidak perlu. Ive diberitahu aturan praktis adalah jika Anda memiliki 4 grup atau lebih yang saya lakukan (15 moose individu). Beberapa dari mereka rusa percobaan pada 2 atau 3 kali untuk total 29 percobaan. Saya ingin tahu apakah mereka …

34 mixed-model  lme4-nlme  random-effects-model  glmm 

Saya ingin mencocokkan GLMM bertingkat dengan distribusi Poisson (dengan dispersi berlebih) menggunakan R. Saat ini saya menggunakan lme4 tetapi saya perhatikan bahwa baru-baru ini quasipoissonkeluarga telah dihapus. Saya telah melihat di tempat lain bahwa Anda dapat memodelkan over-dispersi aditif untuk distribusi binomial dengan menambahkan intersepsi acak dengan satu level per …

32 r  mixed-model  poisson-distribution  lme4-nlme  overdispersion 

Mudah-mudahan ini adalah pertanyaan yang seseorang di sini dapat menjawab untuk saya tentang sifat dekomposisi jumlah kuadrat dari model efek campuran cocok dengan lmer(dari paket lme4 R). Pertama saya harus mengatakan bahwa saya menyadari kontroversi dengan menggunakan pendekatan ini, dan dalam praktiknya saya akan lebih cenderung menggunakan LRT bootstrap untuk …

30 r  anova  mixed-model  lme4-nlme 

Saya bertanya-tanya apakah ada yang bisa memberi tahu saya tentang perbedaan saat ini antara kedua fungsi ini. Saya menemukan pertanyaan berikut: Bagaimana memilih perpustakaan nlme atau lme4 R untuk model efek campuran? , tapi itu berasal dari beberapa tahun yang lalu. Itu seumur hidup di lingkaran perangkat lunak. Pertanyaan spesifik …

30 r  mixed-model  lme4-nlme 

Saya ingin mendapatkan nilai-p dan ukuran efek dari variabel kategori independen (dengan beberapa level) - yaitu "keseluruhan" dan tidak untuk setiap level secara terpisah, seperti output normal dari lme4dalam R. Ini seperti hal yang dilaporkan orang saat menjalankan ANOVA. Bagaimana saya bisa mendapatkan ini?

28 r  hypothesis-testing  anova  mixed-model  lme4-nlme 

Dalam model multi-level, apa implikasi praktis dan terkait interpretasi parameter estimasi efek korelasi acak dan tidak diperkirakan? Alasan praktis untuk menanyakan hal ini adalah bahwa dalam kerangka lmer dalam R, tidak ada metode yang diimplementasikan untuk memperkirakan nilai-p melalui teknik MCMC ketika estimasi dibuat dalam model korelasi antara parameter. Misalnya, …

27 r  mixed-model  lme4-nlme  random-effects-model 

Karena konsensus umum tampaknya menggunakan model campuran melalui lmer()R daripada ANOVA klasik (untuk alasan yang sering dikutip, seperti desain yang tidak seimbang, efek acak silang dll.), Saya ingin mencobanya dengan data saya. Namun saya khawatir bahwa saya akan dapat "menjual" pendekatan ini kepada penyelia saya (yang mengharapkan analisis klasik dengan …

27 r  mixed-model  repeated-measures  lme4-nlme  references 

Saya menggunakan AIC (Kriteria Informasi Akaike) untuk membandingkan model non-linear dalam R. Apakah valid untuk membandingkan AIC dari berbagai jenis model? Secara khusus, saya membandingkan model yang dipasang oleh glm versus model dengan istilah efek acak yang dipasang oleh glmer (lme4). Jika tidak, adakah cara perbandingan seperti itu dapat dilakukan? …

27 lme4-nlme  model-selection  aic 

Masalah: Saya telah membaca di posting lain yang predicttidak tersedia untuk lmermodel efek campuran {lme4} di [R]. Saya mencoba menjelajahi subjek ini dengan dataset mainan ... Latar Belakang: Dataset diadaptasi dari sumber ini , dan tersedia sebagai ... require(gsheet) data <- read.csv(text = gsheet2text('https://docs.google.com/spreadsheets/d/1QgtDcGJebyfW7TJsB8n6rAmsyAnlz1xkT3RuPFICTdk/edit?usp=sharing', format ='csv')) Ini adalah baris dan …

27 r  mixed-model  lme4-nlme 

Saya memiliki output sebagai berikut: Generalized linear mixed model fit by the Laplace approximation Formula: aph.remain ~ sMFS2 +sAG2 +sSHDI2 +sbare +season +crop +(1|landscape) AIC BIC logLik deviance 4062 4093 -2022 4044 Random effects: Groups Name Variance Std.Dev. landscape (Intercept) 0.82453 0.90804 Number of obs: 239, groups: landscape, 45 Fixed …

26 mixed-model  poisson-distribution  lme4-nlme 

Saya telah menjelajahi banyak situs bantuan dan masih bingung tentang cara menentukan istilah bersarang yang lebih rumit dalam model campuran juga. Saya juga bingung karena penggunaan :dan /dan |dalam menentukan interaksi dan bersarang dengan faktor acak yang digunakan lmer()dalam lme4paket di R. Untuk keperluan pertanyaan ini, anggap saya telah secara …

26 r  mixed-model  lme4-nlme 

Kutipan blok di bawah ini, dari para pemimpin di bidang pemodelan efek campuran, mengklaim bahwa mengoordinasikan pergeseran dalam model dengan korelasi nol antara efek acak (model 'ZCP') mengubah prediksi model. Tapi, bisakah seseorang menguraikan atau lebih jauh membenarkan klaim mereka? Pernyataan yang dipertanyakan berasal dari makalah Bates et al 2015 …

25 r  mixed-model  lme4-nlme 

The lmerTestpaket menyediakan anova()fungsi untuk model linear campuran dengan opsional pendekatan Satterthwaite (default) atau Kenward-Roger dari derajat kebebasan (df). Apa perbedaan antara kedua pendekatan ini? Kapan memilih yang mana?

25 r  anova  mixed-model  lme4-nlme  degrees-of-freedom 

Saat ini saya menjalankan beberapa model linear efek campuran. Saya menggunakan paket "lme4" di R. Model saya mengambil bentuk: model <- lmer(response ~ predictor1 + predictor2 + (1 | random effect)) Sebelum menjalankan model saya, saya memeriksa kemungkinan multikolinieritas antara prediktor. Saya melakukan ini dengan: Buat kerangka data prediksi dummy_df …

25 r  correlation  mixed-model  lme4-nlme  multicollinearity 

Saya menjalankan desain berulang dimana saya menguji 30 pria dan 30 wanita di tiga tugas yang berbeda. Saya ingin memahami bagaimana perilaku pria dan wanita berbeda dan bagaimana itu tergantung pada tugas. Saya menggunakan paket lmer dan lme4 untuk menyelidiki ini, namun, saya terjebak dengan mencoba memeriksa asumsi untuk kedua …

25 r  mixed-model  assumptions  lme4-nlme