Pertanyaan yang diberi tag «mixed-model»

Saya sedang mengerjakan kumpulan data untuk mengevaluasi dampak pengeringan pada aktivitas mikroba sedimen. Tujuannya adalah untuk menentukan apakah dampak pengeringan bervariasi di antara jenis sedimen dan / atau kedalaman sedimen. Desain eksperimental adalah sebagai berikut: Faktor pertama Sedimen sesuai dengan tiga jenis sedimen (kode Sed1, Sed2, Sed3). Untuk setiap jenis …

11 mixed-model  interaction  post-hoc  lme4-nlme 

Baru-baru ini saya diberitahu bahwa tidak mungkin untuk menggabungkan kovariat yang bervariasi waktu dalam model campuran longitudinal tanpa memperkenalkan jeda waktu untuk kovariat ini. Bisakah Anda mengkonfirmasi / menolak ini? Apakah Anda punya referensi tentang situasi ini? Saya mengusulkan situasi sederhana untuk mengklarifikasi. Misalkan saya telah mengulangi pengukuran (katakanlah lebih …

11 r  mixed-model  lme4-nlme 

Secara matematis, sering terlihat bahwa ekspresi dan algoritme untuk Ekspektasi Maksimalisasi (EM) sering lebih sederhana untuk model campuran, namun tampaknya hampir semua (jika bukan semuanya) yang dapat diselesaikan dengan EM juga dapat diselesaikan dengan MLE (oleh, katakanlah, metode Newton-Raphson, untuk ekspresi yang tidak tertutup). Namun, dalam literatur, tampaknya banyak yang …

11 mixed-model  maximum-likelihood  expectation-maximization 

Saya mencoba mereproduksi beberapa uji interaksi antara keduanya lmdan lmerpada tindakan berulang (2x2x2). Alasan saya ingin membandingkan kedua metode ini adalah karena GLM SPSS untuk tindakan berulang menghasilkan hasil yang sama persis dengan lmpendekatan yang disajikan di sini, jadi pada akhirnya saya ingin membandingkan SPSS vs R-lmer. Sejauh ini, saya …

10 anova  mixed-model  lme4-nlme  repeated-measures  lm 

Saya mencoba menghitung prediksi efek acak dari model campuran linier dengan tangan, dan menggunakan notasi yang diberikan oleh Wood dalam Generalized Additive Models: sebuah pengantar dengan R (pg 294 / pg 307 pdf), saya semakin bingung mengenai apa yang masing-masing parameter mewakili. Di bawah ini adalah ringkasan dari Wood. Tentukan …

10 mixed-model  lme4-nlme 

Sebagai bagian dari posting ini , saya bekerja pada simulasi data dengan variabel kontinu, meminjamkan diri untuk intersep dan lereng berkorelasi. Meskipun ada posting bagus tentang topik ini di situs , dan di luar situs , saya mengalami kesulitan dalam menemukan contoh awal-ke-akhir dengan data simulasi yang paralel dengan skenario …

10 regression  mixed-model  lme4-nlme 

Dalam lmerfungsi di lme4dalam Rada panggilan untuk membangun model matriks efek acak, , seperti yang dijelaskan di sini , halaman 7 - 9.ZZZ Menghitung mensyaratkan KhatriRao dan / atau produk Kronecker dari dua matriks, dan X_i . J i X iZZZJiJiJ_iXiXiX_i Matriks JiJiJ_i adalah suap: "Matriks indikator indeks faktor pengelompokan", …

10 r  mixed-model  lme4-nlme  matrix 

Saya melakukan tes post-hoc pada model efek campuran linear dalam R( lme4paket). Saya menggunakan multcomppaket ( glht()fungsi) untuk melakukan tes post-hoc. Desain eksperimental saya adalah tindakan berulang, dengan efek blok acak. Model ditentukan sebagai: mymod <- lmer(variable ~ treatment * time + (1|block), data = mydata, REML = TRUE) Daripada …

10 mixed-model  post-hoc  lsmeans  lme4-nlme 

Diberikan tiga variabel, ydan x, yang positif kontinu, dan z, yang kategorikal, saya memiliki dua model kandidat yang diberikan oleh: fit.me <- lmer( y ~ 1 + x + ( 1 + x | factor(z) ) ) dan fit.fe <- lm( y ~ 1 + x ) Saya berharap untuk …

10 r  hypothesis-testing  mixed-model  lme4-nlme 

Sebelum mengajukan pertanyaan ini, saya mencari di situs kami dan menemukan banyak pertanyaan serupa, (seperti di sini , di sini , dan di sini ). Tetapi saya merasa pertanyaan-pertanyaan terkait itu tidak ditanggapi atau didiskusikan dengan baik, sehingga ingin mengajukan pertanyaan ini lagi. Saya merasa harus ada banyak pendengar yang …

10 mixed-model  residuals  heteroscedasticity  diagnostic 

Saya memiliki model berikut yang m_plotdilengkapi dengan lme4::lmerefek acak silang untuk peserta ( lfdn) dan item ( content): Random effects: Groups Name Variance Std.Dev. Corr lfdn (Intercept) 172.173 13.121 role1 62.351 7.896 0.03 inference1 24.640 4.964 0.08 -0.30 inference2 52.366 7.236 -0.05 0.17 -0.83 inference3 21.295 4.615 -0.03 0.22 0.86 …

10 mixed-model  lme4-nlme  intraclass-correlation 

Saya menganalisis hasil percobaan waktu reaksi dalam R. Saya menjalankan pengukuran ANOVA berulang (1 faktor dalam subjek dengan 2 level dan 1 antara faktor subjek dengan 2 level). Saya menjalankan model campuran linear yang sama dan saya ingin meringkas hasil lmer dalam bentuk tabel ANOVA menggunakan lmerTest::anova. Jangan salah paham: …

10 anova  mixed-model  repeated-measures  lme4-nlme  degrees-of-freedom 

Dalam model campuran, kami mengasumsikan efek acak (parameter) adalah variabel acak yang mengikuti distribusi normal. Itu terlihat sangat mirip dengan metode Bayesian, di mana semua parameter dianggap acak. Jadi, apakah model efek acak jenis kasus khusus metode Bayesian?

10 bayesian  mixed-model 

Saya selalu diajarkan bahwa efek acak hanya memengaruhi varians (kesalahan), dan bahwa efek tetap hanya memengaruhi rata-rata. Tapi saya telah menemukan contoh di mana pengaruh acak juga mempengaruhi rata-rata - estimasi koefisien: require(nlme) set.seed(128) n <- 100 k <- 5 cat <- as.factor(rep(1:k, each = n)) cat_i <- 1:k # …

10 r  mixed-model  random-effects-model 

Ada beberapa utas tentang R-sig-ME tentang mendapatkan interval kepercayaan untuk prediksi menggunakan lme4dan nlmedalam R. Misalnya di sini dan di sini pada tahun 2010, termasuk beberapa komentar oleh Dougals Bates, salah satu penulis kedua paket. Saya ragu untuk mengutipnya kata demi kata, karena takut mereka dikeluarkan dari konteks, tetapi bagaimanapun, …

10 mixed-model