Pertanyaan yang diberi tag «r»

/ edit: Tindak lanjut lebih lanjut sekarang Anda dapat menggunakan irlba :: prcomp_irlba / edit: menindaklanjuti posting saya sendiri. irlbasekarang memiliki argumen "pusat" dan "skala", yang memungkinkan Anda menggunakannya untuk menghitung komponen prinsip, misalnya: pc <- M %*% irlba(M, nv=5, nu=0, center=colMeans(M), right_only=TRUE)$v Saya memiliki banyak Matrixfitur yang ingin saya …

31 r  pca  dimensionality-reduction  svd  matrix-decomposition 

Saya ingin membuat plot yang dijelaskan dalam buku ElemStatLearn "Unsur-unsur Pembelajaran Statistik: Penambangan Data, Inferensi, dan Prediksi. Edisi Kedua" oleh Trevor Hastie & Robert Tibshirani & Jerome Friedman. Plotnya adalah: Saya bertanya-tanya bagaimana saya bisa menghasilkan grafik yang tepat ini R, khususnya perhatikan grafik kotak dan perhitungan untuk menunjukkan batas.

31 r  data-visualization  k-nearest-neighbour 

Saya telah menemukan beberapa distribusi yang BUGS dan R memiliki parameterisasi berbeda: Normal, log-Normal, dan Weibull. Untuk masing-masing ini, saya mengumpulkan bahwa parameter kedua yang digunakan oleh R perlu diubah terbalik (1 / parameter) sebelum digunakan dalam BUGS (atau JAGS dalam kasus saya). Adakah yang tahu daftar lengkap transformasi yang …

31 r  distributions  bugs  jags  parameterization 

Apakah mungkin untuk memvisualisasikan output dari Analisis Komponen Utama dengan cara yang memberikan wawasan lebih dari sekadar tabel ringkasan? Apakah mungkin untuk melakukannya ketika jumlah pengamatan besar, katakan ~ 1e4? Dan mungkinkah melakukannya di R [lingkungan lain diterima]?

31 r  data-visualization  pca  biplot 

Saya mencoba menganalisis beberapa data menggunakan model efek campuran. Data yang saya kumpulkan mewakili bobot beberapa hewan muda dari genotipe berbeda dari waktu ke waktu. Saya menggunakan pendekatan yang diusulkan di sini: https://gribblelab.wordpress.com/2009/03/09/repeat-measures-anova-using-r/ Secara khusus saya menggunakan solusi # 2 Jadi saya punya sesuatu seperti require(nlme) model <- lme(weight ~ …

31 r  anova  mixed-model  multiple-comparisons  repeated-measures 

Konteks: Menanggapi pertanyaan sebelumnya tentang penelitian yang dapat direproduksi, Jake menulis Satu masalah yang kami temukan saat membuat arsip JASA kami adalah bahwa versi dan standar paket CRAN berubah. Jadi, dalam arsip itu, kami juga menyertakan versi paket yang kami gunakan. Sistem berbasis sketsa mungkin akan rusak ketika orang mengubah …

31 r  reproducible-research  project-management 

Saya ingin menentukan kepentingan relatif dari set variabel terhadap randomForestmodel klasifikasi dalam R. importanceFungsi ini menyediakan MeanDecreaseGinimetrik untuk setiap prediktor individu - apakah sesederhana menjumlahkan ini di setiap prediktor dalam set? Sebagai contoh: # Assumes df has variables a1, a2, b1, b2, and outcome rf <- randomForest(outcome ~ ., data=df) …

31 r  machine-learning  classification  random-forest 

Apakah mungkin untuk menghitung nilai AIC atau BIC untuk model regresi laso dan model yang diregulasi lainnya di mana parameter hanya sebagian memasukkan persamaan. Bagaimana seseorang menentukan derajat kebebasan? Saya menggunakan R agar sesuai dengan model regresi laso dengan glmnet()fungsi dari glmnetpaket, dan saya ingin tahu bagaimana menghitung nilai AIC …

31 r  model-selection  lasso  aic  bic 

Saya mencoba membuat grafik jumlah tindakan oleh pengguna (dalam hal ini, "suka") dari waktu ke waktu. Jadi saya memiliki "Jumlah tindakan" sebagai sumbu y, sumbu x adalah waktu (minggu), dan setiap baris mewakili satu pengguna. Masalah saya adalah saya ingin melihat data ini untuk sekitar 100 pengguna. Grafik garis dengan …

31 r  data-visualization 

Saya menemukan R dapat membutuhkan waktu lama untuk menghasilkan plot ketika jutaan titik hadir - tidak mengherankan mengingat bahwa poin diplot secara individual. Selain itu, plot seperti itu seringkali terlalu berantakan dan padat untuk menjadi berguna. Banyak poin yang tumpang tindih dan membentuk massa hitam dan banyak waktu dihabiskan untuk …

31 r  data-visualization 

Saya berharap seseorang dapat memberikan gambaran intuitif tentang apa distribusi quasibinomial dan apa fungsinya. Saya sangat tertarik pada poin-poin ini: Bagaimana kuasibinomial berbeda dengan distribusi binomial. Ketika variabel respon adalah proporsi (nilai contoh termasuk 0,23, 0,11, 0,78, 0,98), model quasibinomial akan berjalan dalam R tetapi model binomial tidak akan. Mengapa …

30 r  generalized-linear-model  binomial  overdispersion  quasi-likelihood 

Mudah-mudahan ini adalah pertanyaan yang seseorang di sini dapat menjawab untuk saya tentang sifat dekomposisi jumlah kuadrat dari model efek campuran cocok dengan lmer(dari paket lme4 R). Pertama saya harus mengatakan bahwa saya menyadari kontroversi dengan menggunakan pendekatan ini, dan dalam praktiknya saya akan lebih cenderung menggunakan LRT bootstrap untuk …

30 r  anova  mixed-model  lme4-nlme 

Saya bertanya-tanya apakah ada yang bisa memberi tahu saya tentang perbedaan saat ini antara kedua fungsi ini. Saya menemukan pertanyaan berikut: Bagaimana memilih perpustakaan nlme atau lme4 R untuk model efek campuran? , tapi itu berasal dari beberapa tahun yang lalu. Itu seumur hidup di lingkaran perangkat lunak. Pertanyaan spesifik …

30 r  mixed-model  lme4-nlme 

Saya ingin tahu apakah ada uji statistik untuk "menguji" pentingnya distribusi bimodal. Maksud saya, seberapa banyak data saya memenuhi distribusi bimodal atau tidak? Jika demikian, apakah ada tes dalam program R?

30 r  hypothesis-testing  distributions  bimodal 

Saya memiliki dataset besar dan saya ingin melakukan pengurangan dimensionalitas. Sekarang di mana-mana saya membaca bahwa saya dapat menggunakan PCA untuk ini. Namun, saya masih belum mendapatkan apa yang harus dilakukan setelah menghitung / melakukan PCA. Dalam R ini mudah dilakukan dengan perintah princomp. Tetapi apa yang harus dilakukan setelah …

30 r  pca