Pertanyaan yang diberi tag «parallel-computing»

Saya sedang mempertimbangkan mempelajari bahasa baru untuk digunakan untuk proyek pemodelan numerik / simulasi, sebagai pengganti (sebagian) untuk C ++ dan Python yang saat ini saya gunakan. Saya menemukan Julia , yang terdengar sempurna. Jika ia melakukan semua yang diklaimnya, saya dapat menggunakannya untuk mengganti C ++ dan Python di …

55 parallel-computing  languages  julia 

Saat ini saya sedang mencari metode paralel untuk integrasi ODE. Ada banyak literatur baru dan lama di luar sana yang menggambarkan berbagai pendekatan, tetapi saya belum menemukan survei terbaru atau artikel ikhtisar yang menggambarkan topik secara umum. Ada buku karya Burrage [1], tetapi sudah hampir 20 tahun dan karenanya tidak …

39 parallel-computing  ode  numerical-analysis 

Saya mencari informasi dari siapa saja yang telah mencoba menggunakan OpenCL dalam kode ilmiah mereka. Adakah yang pernah mencoba (baru-baru ini) ViennaCL ? Jika demikian, bagaimana jika dibandingkan dengan puncak ? Bagaimana dengan OCLTools ? Apakah itu memenuhi janji? Jika demikian, apakah ini akan menjadi cara yang layak untuk mulai …

35 parallel-computing  libraries  programming-paradigms  viennacl  opencl 

Apakah ada alat dalam Python yang seperti parl Matlab? Saya menemukan utas ini , tetapi sudah berusia empat tahun. Saya pikir mungkin seseorang di sini mungkin memiliki pengalaman yang lebih baru. Berikut adalah contoh jenis hal yang ingin saya pisahkan: X = np.random.normal(size=(10, 3)) F = np.zeros((10, )) for i …

35 python  parallel-computing 

Pertanyaan ini dimigrasikan dari Stack Overflow karena dapat dijawab di Computational Science Stack Exchange. Bermigrasi 7 tahun yang lalu . Adakah masalah / algoritme terkenal dalam komputasi ilmiah yang tidak dapat dipercepat dengan paralisis? Sepertinya saya ketika membaca buku tentang CUDA bahwa kebanyakan hal bisa.

27 parallel-computing 

Bagaimana masalah gravitasi n-tubuh diselesaikan secara numerik secara paralel? Apakah tradeoff presisi-kompleksitas mungkin? Bagaimana presisi mempengaruhi kualitas model?

25 algorithms  ode  parallel-computing  complexity  precision 

Saya tidak menjalankan kode paralel apa pun sekarang, tapi saya mengantisipasi menjalankan kode paralel di masa depan menggunakan hibrida OpenMP dan MPI. Debugger adalah alat yang sangat berharga bagi saya ketika menjalankan proyek seri. Adakah yang bisa merekomendasikan debugger paralel (atau beberapa debugger) untuk digunakan untuk debugging perangkat lunak paralel? …

24 software  parallel-computing 

Saya memiliki aplikasi yang dapat diparalelkan secara sepele tetapi kinerjanya sebagian besar terikat I / O. Aplikasi membaca larik input tunggal yang disimpan dalam file yang biasanya berukuran 2-5 GB (tapi saya berharap angka ini bertambah di masa mendatang). Perhitungan tipikal berlaku operasi yang sama untuk setiap baris atau kolom …

20 io  parallel-computing  mpi 

Ingin memperbaiki pos ini? Berikan jawaban terinci untuk pertanyaan ini, termasuk kutipan dan penjelasan mengapa jawaban Anda benar. Jawaban tanpa detail yang cukup dapat diedit atau dihapus. Adaptive mesh refinement (AMR) adalah teknik umum untuk menangani masalah berbagai skala spasial dalam solusi numerik PDE. Apa perpustakaan tujuan umum yang ada …

18 pde  libraries  parallel-computing  adaptive-mesh-refinement 

Banyak pekerjaan saya sendiri berkisar membuat skala algoritma lebih baik, dan salah satu cara yang disukai untuk menunjukkan penskalaan paralel dan / atau efisiensi paralel adalah untuk memplot kinerja algoritma / kode pada jumlah inti, misalnya di mana sumbu mewakili jumlah core dan sumbu beberapa metrik, misalnya pekerjaan yang dilakukan …

17 parallel-computing  hpc  scaling  plotting 

Pengurangan paralel mengasumsikan bahwa operasi yang sesuai adalah asosiatif. Asumsi ini dilanggar karena penambahan angka floating point. Anda mungkin bertanya mengapa saya peduli tentang ini. Yah, itu membuat hasil yang kurang dapat direproduksi. Dan menjadi lebih buruk ketika anil simulasi digunakan untuk mengoptimalkan (atau menyesuaikan parameter) dibandingkan subrutin yang menghasilkan …

17 parallel-computing  reproducibility 

Tesis saya adalah mengembangkan metode numerik untuk pengurangan model dalam pembakaran. Saya menjalankan metode saya murni pada bagian kimia dari simulasi pembakaran, dan saya punya banyak studi kasus untuk simulasi 0-D (tidak ada aliran). Yang saya inginkan adalah menjalankan simulasi yang memiliki aliran di dalamnya, lebih disukai simulasi 2-D atau …

17 pde  fluid-dynamics  software  parallel-computing 

Saya mengoptimalkan fungsi 10-20 variabel. Berita buruknya adalah bahwa setiap evaluasi fungsi mahal, kira-kira 30 menit dari perhitungan serial. Kabar baiknya adalah bahwa saya memiliki cluster dengan beberapa lusin node komputasi yang saya miliki. Jadi pertanyaannya: apakah ada algoritma optimasi yang memungkinkan saya untuk menggunakan semua daya komputasi secara efisien? …

15 optimization  parallel-computing 

Saya menjalankan simulasi dinamika molekul (MD) menggunakan beberapa paket perangkat lunak, seperti Gromacs dan DL_POLY. Gromacs sekarang mendukung algoritma dekomposisi partikel dan domain dekomposisi. Secara default, simulasi Gromacs menggunakan dekomposisi domain, meskipun selama bertahun-tahun, hingga saat ini, dekomposisi partikel adalah satu-satunya metode yang diterapkan dalam Gromacs. Dalam salah satu makalah …

15 parallel-computing  efficiency  molecular-dynamics  simulation 

Maaf untuk posting lama tapi saya ingin memasukkan semua yang saya pikir relevan pada langkah pertama. Apa yang saya inginkan Saya menerapkan versi paralel dari Metode Subruang Krylov untuk Matriks Padat.Terutama GMRES, QMR dan CG. Saya menyadari (setelah membuat profil) bahwa rutinitas DGEMV saya menyedihkan. Jadi saya memutuskan untuk berkonsentrasi …

15 parallel-computing  matrix  lapack  blas