Pertanyaan yang diberi tag «parallel-computing»

Saya memparalelkan kode untuk memecahkan model keseimbangan populasi 5 dimensi secara numerik. Saat ini saya memiliki kode paralel MPICH2 yang sangat baik di FORTRAN tetapi ketika kami meningkatkan nilai parameter array menjadi terlalu besar untuk dijalankan dalam mode memori terdistribusi. Saya memiliki akses ke sebuah cluster dengan 15 node, di …

14 parallel-computing  fortran  numerics  mpi  compiling 

Dalam solusi numerik PDE nilai batas awal, sangat umum untuk menggunakan paralelisme dalam ruang . Adalah jauh lebih jarang untuk menggunakan beberapa bentuk paralelisme dalam diskritisasi waktu , dan bahwa paralelisme biasanya jauh lebih terbatas. Saya menyadari semakin banyak kode dan karya yang diterbitkan yang menunjukkan paralelisme temporal, tetapi tidak …

14 pde  parallel-computing  time-integration 

Biasanya, saya menulis kode seri, dan ketika saya melakukannya, saya menulis unit test dengan beberapa kerangka pengujian gaya xUnit (MATLAB xUnit, PyUnit / nose, atau kerangka pengujian C ++ Google). Berdasarkan pencarian Google sepintas, saya belum melihat banyak tentang bagaimana praktisi menguji kode yang menggunakan MPI. Apakah ada praktik terbaik …

13 parallel-computing  petsc  mpi  testing  reproducibility 

Saya memiliki koleksi model komputasi yang dapat digambarkan sebagai automata seluler asinkron. Model-model ini menyerupai model Ising, tetapi sedikit lebih rumit. Sepertinya model seperti itu akan mendapat manfaat dari dijalankan pada GPU daripada CPU. Sayangnya itu tidak cukup mudah untuk memparalelkan model seperti itu, dan sama sekali tidak jelas bagi …

12 parallel-computing  monte-carlo  gpu 

Saat ini saya sedang mengembangkan metode dekomposisi domain untuk solusi dari masalah hamburan. Pada dasarnya saya memecahkan sistem Helmholtz BVP secara iteratif. Saya discretize persamaan menggunakan metode elemen hingga lebih dari segitiga atau tetrahedral jerat. Saya sedang mengembangkan kode menuju tesis Phd saya. Saya menyadari beberapa pustaka elemen hingga yang …

11 finite-element  parallel-computing  mesh-generation  domain-decomposition  mesh 

Halo komunitas scicomp, Saya telah bekerja di bidang algoritma grafik menggunakan kerangka kerja seperti NetworkX (Python), JUNG dan YFiles (Java). Saya sekarang memasuki bidang komputasi kinerja paralel dan tinggi. Untuk proyek baru, saya mencari perpustakaan grafik C ++ dengan fitur-fitur berikut: memiliki antarmuka intuitif yang memungkinkan pengembangan algoritma mendukung operasi …

11 algorithms  parallel-computing  libraries  graph-theory 

Saya memiliki pengalaman dalam pengkodean OpenMP untuk mesin Memori Bersama (baik dalam C dan FORTRAN) untuk melakukan tugas-tugas sederhana seperti penambahan matriks, perkalian dll. (Hanya untuk melihat bagaimana itu bersaing dengan LAPACK). Saya tahu OpenMP cukup untuk melakukan tugas-tugas sederhana tanpa perlu melihat dokumentasi. Baru-baru ini, saya beralih ke Python …

11 parallel-computing  python 

Seperti yang saya pahami, metode multigrid memecahkan sistem linier dengan menyelesaikan versi yang lebih kasar dari masalah yang sama (di sana dengan menghilangkan kesalahan frekuensi rendah) kemudian memproyeksikan kembali ke jaringan halus untuk meluruskan kesalahan frekuensi tinggi. Untuk sistem yang besar, saya dapat melihat bagaimana metode berulang dapat diimplementasikan secara …

11 linear-algebra  parallel-computing  multigrid 

Bersamaan dengan penelitian saya pada Metode Ruang Krylov, saya memiliki pilihan untuk mengeksplorasi matematika di belakang HPC selangkah lebih maju atau teori komputasi (perangkat keras, OS, kompiler dll.). Saat ini, saya tahu baik cukup untuk hanya mendapatkan oleh. Sebagai contoh, saya tahu bagaimana menurunkan persamaan untuk CG dan dasar-dasar metode …

11 parallel-computing  education 

Algoritma Parareal, PITA, dan PFASST semuanya adalah teknik lintas domain untuk memparalelkan solusi dari masalah yang bergantung pada waktu. Apa prinsip panduan di balik metode ini? Apa perbedaan utama di antara mereka? Dapatkah saya mengatakan bahwa satu didasarkan pada yang lain? Bagaimana? Bagaimana dengan aplikasi mereka? Saya tahu tidak akan …

10 parallel-computing  time-integration 

Saya mencari untuk port beberapa kode yang menyelesaikan satu set persamaan diferensial parsial (PDE) dengan metode volume hingga dalam bentuk IMPLICIT (untuk diskritisasi waktu). Akibatnya ada sistem persamaan tridiagonal dalam arah x, y, z yang ditangani oleh skema ADI / TDMA. Saya tidak bisa menemukan apa pun mengenai solusi implisit …

10 parallel-computing  implicit-methods  cuda 

Saat ini saya sedang bekerja untuk memecahkan sistem simetris yang sangat besar (tapi tidak pasti positif), yang dihasilkan oleh beberapa algoritma tertentu. Matriks ini memiliki sparsity blok bagus yang dapat digunakan untuk pemecahan paralel. Tetapi saya tidak dapat memutuskan apakah saya harus menggunakan pendekatan langsung (seperti Multi-frontal) atau iteratif (GMRES …

10 parallel-computing  linear-solver  sparse-matrix  linear-system  gmres 

Dalam beberapa tahun terakhir, beberapa proyek perpustakaan / perangkat lunak telah muncul yang menawarkan beberapa bentuk atau paralelisme memori bersama untuk keperluan umum yang didorong oleh data. Gagasan utamanya adalah bahwa alih-alih menulis kode yang diulir secara eksplisit, pemrogram mengimplementasikan algoritme mereka sebagai tugas yang saling tergantung yang kemudian dijadwalkan …

10 parallel-computing  software  hpc  libraries  multicore 

Saya sangat baru dalam pemrograman GPGPU jadi tolong maafkan saya jika pertanyaannya tidak tepat. Dari apa yang saya pahami pemrograman GPU adalah bagian yang sangat rumit dari pekerjaan teknik jika dibandingkan dengan pemrograman CPU biasa. Kita harus sangat berhati-hati tentang masalah divergensi, ubin, alokasi memori yang disematkan, dan komunikasi perangkat …

10 parallel-computing  petsc  gpu  cuda 

Saya mencoba mendiagonalisasi beberapa matriks yang padat dan tidak terkondisikan. Dalam presisi mesin, hasilnya tidak akurat (mengembalikan nilai eigen negatif, vektor eigen tidak memiliki simetri yang diharapkan). Saya beralih ke fungsi Mathematica Eigensystem [] untuk mengambil keuntungan dari presisi yang berubah-ubah, tetapi perhitungannya sangat lambat. Saya terbuka untuk sejumlah solusi. …

10 linear-algebra  parallel-computing  eigensystem  precision  dense-matrix