Pertanyaan yang diberi tag «lme4-nlme»

Saya mencoba menggunakan lmedari nlmepaket untuk mereplikasi hasil dari aovuntuk ANOVA tindakan berulang. Saya telah melakukan ini untuk percobaan pengukuran berulang faktor tunggal dan untuk eksperimen dua faktor dengan satu faktor antar-subjek dan satu faktor dalam-subyek, tetapi saya mengalami kesulitan melakukannya untuk eksperimen dua faktor dengan dua dalam -subyek faktor. …

19 r  anova  mixed-model  repeated-measures  lme4-nlme 

Saya memiliki GLMM dengan distribusi binomial dan fungsi tautan logit dan saya merasa bahwa aspek penting dari data tidak terwakili dengan baik dalam model. Untuk menguji ini, saya ingin tahu apakah data dijelaskan dengan baik oleh fungsi linear pada skala logit. Oleh karena itu, saya ingin tahu apakah residunya berperilaku …

19 binomial  residuals  glmm  lme4-nlme 

Silakan pertimbangkan data ini: dt.m <- structure(list(id = c(1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12), occasion = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, …

19 r  mixed-model  stata  lme4-nlme 

Saya mengerti bahwa kami menggunakan model efek acak (atau efek campuran) ketika kami percaya bahwa beberapa parameter model bervariasi secara acak di beberapa faktor pengelompokan. Saya memiliki keinginan untuk menyesuaikan model di mana respons telah dinormalisasi dan terpusat (tidak sempurna, tapi cukup dekat) di seluruh faktor pengelompokan, tetapi variabel independen …

18 mixed-model  random-effects-model  fixed-effects-model  lme4-nlme  intraclass-correlation 

Saya tahu bahwa salah satu keuntungan dari model campuran adalah bahwa mereka memungkinkan untuk menentukan matriks varians-kovarians untuk data (simetri gabungan, autoregresif, tidak terstruktur, dll.) Namun, lmerfungsi dalam R tidak memungkinkan spesifikasi mudah dari matriks ini. Adakah yang tahu struktur apa yang lmerdigunakan secara default dan mengapa tidak ada cara …

18 r  mixed-model  lme4-nlme  covariance-matrix 

Latar Belakang: Catatan: Kumpulan data dan kode-r saya termasuk di bawah teks Saya ingin menggunakan AIC untuk membandingkan dua model efek campuran yang dihasilkan menggunakan paket lme4 di R. Setiap model memiliki satu efek tetap dan satu efek acak. Efek tetap berbeda di antara model, tetapi efek acak tetap sama …

18 maximum-likelihood  random-effects-model  fixed-effects-model  mixed-model  lme4-nlme 

Ini adalah bingkai data saya: Group <- c("G1","G1","G1","G1","G1","G1","G1","G1","G1","G1","G1","G1","G1","G1","G1","G2","G2","G2","G2","G2","G2","G2","G2","G2","G2","G2","G2","G2","G2","G2","G3","G3","G3","G3","G3","G3","G3","G3","G3","G3","G3","G3","G3","G3","G3") Subject <- c("S1","S2","S3","S4","S5","S6","S7","S8","S9","S10","S11","S12","S13","S14","S15","S1","S2","S3","S4","S5","S6","S7","S8","S9","S10","S11","S12","S13","S14","S15","S1","S2","S3","S4","S5","S6","S7","S8","S9","S10","S11","S12","S13","S14","S15") Value <- c(9.832217741,13.62390117,13.19671612,14.68552076,9.26683366,11.67886655,14.65083473,12.20969772,11.58494621,13.58474896,12.49053635,10.28208078,12.21945867,12.58276212,15.42648969,9.466436017,11.46582655,10.78725485,10.66159358,10.86701127,12.97863424,12.85276916,8.672953949,10.44587257,13.62135205,13.64038394,12.45778874,8.655142642,10.65925259,13.18336949,11.96595556,13.5552118,11.8337142,14.01763101,11.37502161,14.14801305,13.21640866,9.141392359,11.65848845,14.20350364,14.1829714,11.26202565,11.98431285,13.77216009,11.57303893) data <- data.frame(Group, Subject, Value) Lalu saya menjalankan model efek linear-campuran untuk membandingkan perbedaan 3 Grup pada "Nilai", di mana "Subjek" adalah faktor acak: library(lme4) library(lmerTest) model <- lmer (Value~Group + (1|Subject), data = data) summary(model) …

18 r  lme4-nlme  post-hoc 

Saya memiliki data dari pasien yang dirawat dengan 2 jenis perawatan selama operasi. Saya perlu menganalisis efeknya pada detak jantung. Pengukuran detak jantung dilakukan setiap 15 menit. Mengingat bahwa lama operasi dapat berbeda untuk setiap pasien, setiap pasien dapat memiliki antara 7 dan 10 pengukuran denyut jantung. Jadi desain yang …

17 r  mixed-model  repeated-measures  lme4-nlme 

Rumus model dalam R seperti y ~ x + a*b + c:d didasarkan pada apa yang disebut notasi Wilkinson : Wilkinson dan Rogers 1973, Deskripsi Simbolik Model Faktorial untuk Analisis Varians . Makalah ini tidak membahas notasi untuk model campuran (yang mungkin belum ada saat itu). Jadi di mana formula …

16 r  mixed-model  lme4-nlme  notation  history 

Saya menggunakan glmerfungsi dari lme4paket dalam R, dan saya menggunakan bobyqapengoptimal (yaitu default dalam kasus saya). Saya mendapat peringatan, dan saya ingin tahu apa artinya. Warning message: In optwrap(optimizer, devfun, start, rho$lower, control = control, : convergence code 3 from bobyqa: bobyqa -- a trust region step failed to reduce …

16 r  optimization  lme4-nlme  convergence  glmm 

Saya mengalami kesulitan memahami hasil lmer()model saya . Ini adalah model sederhana dari variabel hasil (Dukungan) dengan berbagai penyadapan Negara / efek acak Negara: mlm1 <- lmer(Support ~ (1 | State)) Hasilnya summary(mlm1)adalah: Linear mixed model fit by REML Formula: Support ~ (1 | State) AIC BIC logLik deviance REMLdev …

16 r  mixed-model  random-effects-model  lme4-nlme 

Saya telah menggunakan MCMCglmmpaket baru-baru ini. Saya bingung dengan apa yang disebut dalam dokumentasi sebagai struktur-R dan struktur-G. Ini tampaknya berhubungan dengan efek acak - khususnya menentukan parameter untuk distribusi sebelumnya, tetapi diskusi dalam dokumentasi tampaknya mengasumsikan bahwa pembaca tahu apa istilah-istilah ini. Sebagai contoh: daftar opsional spesifikasi sebelumnya yang …

16 r  bayesian  mixed-model  lme4-nlme 

Dalam studi saya, saya akan mengukur beban kerja dengan beberapa metrik. Dengan variabilitas denyut jantung (HRV), aktivitas electrodermal (EDA) dan dengan skala subjektif (IWS). Setelah normalisasi, IWS memiliki tiga nilai: Beban kerja lebih rendah dari biasanya Beban kerja rata-rata Beban kerja lebih tinggi dari biasanya. Saya ingin melihat seberapa baik …

16 r  logistic  lme4-nlme  ordered-logit  polr 

Katakanlah kita punya model mod <- Y ~ X*Condition + (X*Condition|subject) # Y = logit variable # X = continuous variable # Condition = values A and B, dummy coded; the design is repeated # so all participants go through both Conditions # subject = random effects for different subjects …

16 mixed-model  lme4-nlme  overfitting  singular 

Saya mencoba menggunakan lme4::glmer()agar sesuai dengan model campuran binomial umum (GLMM) dengan variabel dependen yang bukan biner, tetapi variabel kontinu antara nol dan satu. Orang dapat menganggap variabel ini sebagai probabilitas; sebenarnya itu adalah probabilitas sebagaimana dilaporkan oleh subyek manusia (dalam percobaan yang saya bantu analisis). Yaitu itu bukan fraksi …

15 r  logistic  mixed-model  glmm  lme4-nlme