Pertanyaan yang diberi tag «r»

Secara numerik menurunkan MLE pada GLMM adalah sulit dan, dalam praktiknya, saya tahu, kita tidak boleh menggunakan optimasi brute force (misalnya, menggunakan optimdengan cara sederhana). Tetapi untuk tujuan pendidikan saya sendiri, saya ingin mencobanya untuk memastikan saya memahami model dengan benar (lihat kode di bawah). Saya menemukan bahwa saya selalu …

37 r  maximum-likelihood  optimization  lme4-nlme 

Saya ingin mendapatkan interval prediksi sekitar prediksi dari model lmer (). Saya telah menemukan beberapa diskusi tentang ini: http://rstudio-pubs-static.s3.amazonaws.com/24365_2803ab8299934e888a60e7b16113f619.html http://glmm.wikidot.com/faq tetapi mereka tampaknya tidak memperhitungkan ketidakpastian efek acak. Inilah contoh spesifik. Saya balap ikan emas. Saya memiliki data pada 100 balapan terakhir. Saya ingin memprediksi 101, dengan mempertimbangkan ketidakpastian estimasi …

37 r  mixed-model  prediction  prediction-interval  lme4-nlme 

Saya ingin berasumsi bahwa suhu permukaan laut dari Laut Baltik adalah tahun yang sama tahun demi tahun, dan kemudian menggambarkannya dengan model fungsi / linier. Gagasan yang saya miliki adalah hanya memasukkan tahun sebagai angka desimal (atau num_months / 12) dan keluar berapa suhu yang seharusnya sekitar waktu itu. Melemparkannya …

37 r  regression  time-series  lm 

Saya telah membangun regresi logistik di mana variabel hasil sedang disembuhkan setelah menerima pengobatan ( Curevs No Cure). Semua pasien dalam penelitian ini menerima perawatan. Saya tertarik melihat apakah memiliki diabetes terkait dengan hasil ini. Dalam R, output regresi logistik saya terlihat sebagai berikut: Call: glm(formula = Cure ~ Diabetes, …

37 r  hypothesis-testing  logistic  generalized-linear-model  odds-ratio 

Saya melakukan analisis komponen utama (PCA) dengan R menggunakan dua fungsi yang berbeda ( prcompdan princomp) dan mengamati bahwa skor PCA berbeda dalam tanda. Bagaimana bisa? Pertimbangkan ini: set.seed(999) prcomp(data.frame(1:10,rnorm(10)))$x PC1 PC2 [1,] -4.508620 -0.2567655 [2,] -3.373772 -1.1369417 [3,] -2.679669 1.0903445 [4,] -1.615837 0.7108631 [5,] -0.548879 0.3093389 [6,] 0.481756 0.1639112 …

37 r  pca  factor-analysis 

Saya mencoba untuk menyesuaikan data saya ke dalam berbagai model dan tahu bahwa fitdistrfungsi dari perpustakaan MASSdari Rmemberi saya Negative Binomialsebagai yang terbaik-fit. Sekarang dari halaman wiki , definisi diberikan sebagai: Distribusi NegBin (r, p) menggambarkan probabilitas kegagalan k dan keberhasilan r dalam percobaan k + r Bernoulli (p) dengan …

37 r  distributions  modeling  negative-binomial 

Saya telah menggunakan paket caret dalam R untuk membangun model prediksi untuk klasifikasi dan regresi. Caret menyediakan antarmuka terpadu untuk menyetel model hiper-parameter dengan validasi silang atau strapping boot. Misalnya, jika Anda sedang membangun model 'tetangga terdekat' yang sederhana untuk klasifikasi, berapa banyak tetangga yang harus Anda gunakan? 2? 10? …

37 r  time-series  cross-validation 

Uji Mantel digunakan secara luas dalam penelitian biologi untuk menguji korelasi antara distribusi spasial hewan (posisi dalam ruang) dengan, misalnya, keterkaitan genetiknya, tingkat agresi atau beberapa atribut lainnya. Banyak jurnal yang baik menggunakannya ( PNAS, Perilaku Hewan, Ekologi Molekuler ... ). Saya membuat beberapa pola yang mungkin terjadi di alam, …

37 r  correlation  spatial  pattern-recognition 

Saya saat ini menggunakan paket R lme4 . Saya menggunakan model efek campuran linier dengan efek acak: library(lme4) mod1 <- lmer(r1 ~ (1 | site), data = sample_set) #Only random effects mod2 <- lmer(r1 ~ p1 + (1 | site), data = sample_set) #One fixed effect + # random effects …

37 r  regression  mixed-model  random-effects-model 

Effectspaket menyediakan cara yang sangat cepat dan mudah untuk memplot hasil model efek campuran linier yang diperoleh melalui lme4paket . The effectinterval fungsi menghitung kepercayaan (CI) sangat cepat, tapi bagaimana dapat dipercaya adalah interval keyakinan ini? Sebagai contoh: library(lme4) library(effects) library(ggplot) data(Pastes) fm1 <- lmer(strength ~ batch + (1 | …

36 r  mixed-model  confidence-interval  effects  lme4-nlme 

Saya mencoba mencari tahu metode validasi silang mana yang terbaik untuk situasi saya. Data berikut ini hanyalah contoh untuk bekerja melalui masalah (dalam R), tetapi Xdata saya yang sebenarnya ( xmat) berkorelasi satu sama lain dan berkorelasi dengan derajat yang berbeda dengan yvariabel ( ymat). Saya memberikan kode R, tetapi …

36 r  regression  cross-validation  linear-model 

Saya mencoba membuat polinomial orde kedua untuk beberapa data yang saya miliki. Katakanlah saya merencanakan ini dengan ggplot(): ggplot(data, aes(foo, bar)) + geom_point() + geom_smooth(method="lm", formula=y~poly(x, 2)) Saya mendapat: Jadi, urutan kedua cocok dengan cukup baik. Saya menghitungnya dengan R: summary(lm(data$bar ~ poly(data$foo, 2))) Dan saya mendapatkan: lm(formula = data$bar …

36 r  regression  interpretation  regression-coefficients 

Saya memiliki data dari 3 kelompok biomassa alga ( AAA , ,BBB ) yang berisi ukuran sampel yang tidak sama ( n A = 15 , n B = 13 , n C = 12 ) dan saya ingin membandingkan jika kelompok-kelompok ini berasal dari populasi yang sama .CCCnA=15nA=15n_A=15nB=13nB=13n_B=13nC=12nC=12n_C=12 ANOVA …

36 r  anova  data-transformation  heteroscedasticity 

plot(density(rexp(100)) Jelas semua kepadatan di sebelah kiri nol merupakan bias. Saya ingin meringkas beberapa data untuk non-statistik, dan saya ingin menghindari pertanyaan tentang mengapa data non-negatif memiliki kepadatan di sebelah kiri nol. Plot-plot tersebut untuk pengecekan pengacakan; Saya ingin menunjukkan distribusi variabel berdasarkan kelompok perlakuan dan kontrol. Distribusi seringkali eksponensial-ish. …

36 r  pdf  gamma-distribution  kernel-smoothing 

Saya ingin menggunakan Lasso atau regresi ridge untuk model dengan lebih dari 50.000 variabel. Saya ingin melakukannya menggunakan paket perangkat lunak dalam R. Bagaimana saya bisa memperkirakan parameter penyusutan ( )?λλ\lambda Suntingan: Inilah poin yang ingin saya sampaikan: set.seed (123) Y <- runif (1000) Xv <- sample(c(1,0), size= 1000*1000, replace …

36 r  lasso  ridge-regression  high-dimensional