Ilmu Komputasi

Latar Belakang: Saya pikir saya mungkin ingin mem-porting beberapa kode yang menghitung produk matriks eksponensial-vektor menggunakan metode subruang Krylov dari MATLAB ke Python. (Secara khusus, fungsi expmvp Jitse Niesen , yang menggunakan algoritma yang dijelaskan dalam makalah ini .) Namun, saya tahu bahwa kecuali saya menggunakan banyak fungsi dari modul …

29 performance  python 

Sebagai seseorang yang memegang gelar BA dalam fisika saya agak tersinggung ketika saya mulai bekerja dengan simulasi molekuler. Agak mengejutkan mengetahui bahwa bahkan simulasi yang paling terperinci dan mahal secara komputasi tidak dapat secara kuantitatif mereproduksi perilaku penuh air dari prinsip pertama. Sebelumnya, saya mendapat kesan bahwa hukum dasar mekanika …

29 quantum-mechanics  simulation 

Baru-baru ini saya menemukan formulasi dari fenomena-meta : " dua itu mudah, tiga itu sulit " (diucapkan seperti ini oleh Federico Poloni), yang dapat dijelaskan, sebagai berikut: Ketika masalah tertentu dirumuskan untuk dua entitas, itu relatif mudah untuk diselesaikan; Namun, algoritma untuk formulasi tiga entitas meningkat dalam kesulitan luar biasa, …

29 linear-algebra  computational-physics  computational-geometry  computational-chemistry 

Masalah Saat ini saya sedang mengerjakan simulasi Elemen Hingga Navier Stokes dan saya ingin menyelidiki efek dari berbagai parameter. Beberapa parameter ditentukan dalam file input atau melalui opsi baris perintah; parameter lain disediakan sebagai flag dalam Makefile sehingga kode saya harus dikompilasi ulang setiap kali saya mengubah opsi itu. Saya …

29 software  finite-element  python  c++ 

det(A)≈0det(A)≈0\det(A) \approx 0 Apakah kebalikannya juga benar? Apakah matriks yang dikondisikan buruk memiliki determinan yang hampir nol? Ini adalah sesuatu yang saya coba di Octave: a = rand(4,4); det(a) %0.008 cond(a)%125 a(:,4) = 1*a(:,1) + 2*a(:,2) = 0.000000001*ones(4,1); det(a)%1.8E-11 cond(a)%3.46E10

29 linear-algebra  condition-number 

Versi 3.0 dari standar MPI secara formal menghapus antarmuka C ++ (sebelumnya tidak digunakan lagi). Sementara implementasi mungkin masih mendukungnya, fitur-fitur yang baru di MPI-3 tidak memiliki antarmuka C ++ yang didefinisikan dalam standar MPI. Lihat http://blogs.cisco.com/performance/the-mpi-c-bindings-what-happened-and-why/ untuk informasi lebih lanjut. Motivasi untuk menghapus antarmuka C ++ dari MPI adalah …

28 c++  mpi 

Pertanyaan ini dimigrasikan dari Stack Overflow karena dapat dijawab di Computational Science Stack Exchange. Bermigrasi 7 tahun yang lalu . Adakah masalah / algoritme terkenal dalam komputasi ilmiah yang tidak dapat dipercepat dengan paralisis? Sepertinya saya ketika membaca buku tentang CUDA bahwa kebanyakan hal bisa.

27 parallel-computing 

Dalam statistik dan berbagai aplikasinya, kita sering menghitung matriks kovarians , yang pasti positif (dalam kasus yang dipertimbangkan) dan simetris, untuk berbagai kegunaan. Terkadang, kita membutuhkan invers dari matriks ini untuk berbagai perhitungan (bentuk kuadratik dengan invers ini sebagai matriks pusat (saja), misalnya). Mengingat kualitas dari matriks ini, dan kegunaan …

27 linear-algebra  matrix 

EDIT: Saya menguji apakah ada nilai eigen yang besarnya satu atau lebih. Saya perlu menemukan nilai eigen absolut terbesar dari matriks besar non-simetris yang jarang. Saya telah menggunakan eigen()fungsi R , yang menggunakan algo QR baik dari EISPACK atau LAPACK untuk menemukan semua nilai eigen dan kemudian saya gunakan abs()untuk …

27 linear-algebra  algorithms  eigensystem  sparse-matrix 

Saya tahu, dan telah menggunakan f2py2e untuk membungkus beberapa kode Fortran 77 lama, tetapi pemahaman saya adalah bahwa itu tidak bekerja dengan kode Fortran 95 yang lebih baru. Saya telah meneliti apa yang harus saya gunakan, dan telah menemukan fwrap dan G3 f2py, yang keduanya tidak memberikan penjelasan tentang keadaan …

27 python  fortran 

Saya ingin memodifikasi matriks transisi persegi yang padat di tempat dengan mengubah urutan beberapa baris dan kolomnya, menggunakan perpustakaan numpy python. Secara matematis ini berhubungan dengan pra-mengalikan matriks dengan matriks permutasi P dan mengalikannya dengan P ^ -1 = P ^ T, tetapi ini bukan solusi yang masuk akal secara …

27 linear-algebra  python  numpy 

Saya telah mencari ke dalam perpustakaan aljabar C ++ linier untuk proyek yang telah saya kerjakan. Sesuatu yang saya masih belum pahami adalah koneksi BLAS dan LAPACK ke perpustakaan aljabar linier lainnya. Melihat melalui artikel ini di perpustakaan aljabar linier, saya merasa menarik bahwa: beberapa perpustakaan independen dari BLAS dan …

26 linear-algebra  software  lapack  blas 

Pertanyaan ini dimigrasikan dari Mathematics Stack Exchange karena dapat dijawab di Computational Science Stack Exchange. Bermigrasi 6 tahun yang lalu . Saya akan mulai bekerja di perpustakaan perangkat lunak pemecah ODE numerik , dan saya berjuang dengan cara merumuskan tes untuk implementasi pemecah. Ambisi saya adalah bahwa perpustakaan, akhirnya, akan …

26 ode 

Salah satu masalah utama yang harus kita hadapi dalam simulasi molekuler adalah perhitungan gaya yang bergantung pada jarak. Jika kita dapat membatasi fungsi gaya dan jarak agar memiliki kekuatan genap dari jarak pemisahan , maka kita bisa menghitung kuadrat jarak r 2 = r ⋅ r dan tidak perlu khawatir …

26 efficiency 

Saya tidak begitu akrab dengan skema diskritisasi umum untuk PDE. Saya tahu bahwa Crank-Nicolson adalah skema populer untuk mendiskritisasi persamaan difusi. Apakah juga pilihan yang baik untuk masa adveksi? Saya menarik dalam menyelesaikan persamaan Reaksi-Difusi-Adveksi , ∂kamu∂t+ ∇ ⋅ ( v u - D ∇ u ) = f∂kamu∂t+∇⋅(vkamu-D∇kamu)=f\frac{\partial u}{\partial …

26 pde  discretization  advection  diffusion