Pertanyaan yang diberi tag «mixed-model»

Misalkan saya memiliki beberapa beberapa variabel respon yang diukur dari th saudara di keluarga th. Selain itu, beberapa data perilaku dikumpulkan secara bersamaan dari masing-masing subjek. Saya mencoba menganalisis situasi dengan model efek campuran linier berikut:yijyijy_{ij}jjjiiixijxijx_{ij} yij=α0+α1xij+δ1ixij+εijyij=α0+α1xij+δ1ixij+εijy_{ij} = \alpha_0 + \alpha_1 x_{ij} + \delta_{1i} x_{ij} + \varepsilon_{ij} di mana dan …

14 mixed-model  lme4-nlme  covariance-matrix  non-independent 

Dapatkah seseorang tolong beri tahu saya bagaimana membuat R memperkirakan break point dalam model linear piecewise (sebagai parameter tetap atau acak), ketika saya juga perlu memperkirakan efek acak lainnya? Saya telah memasukkan contoh mainan di bawah ini yang cocok dengan tongkat hoki / regresi tongkat patah dengan varians kemiringan acak …

14 r  mixed-model  lme4-nlme  change-point  piecewise-linear 

Douglas Bates menyatakan bahwa model-model berikut ini setara "jika matriks varians-kovarians untuk efek acak bernilai vektor memiliki bentuk khusus, yang disebut simetri gabungan" ( slide 91 dalam presentasi ini ): m1 <- lmer(y ~ factor + (0 + factor|group), data) m2 <- lmer(y ~ factor + (1|group) + (1|group:factor), data) …

13 r  anova  mixed-model  repeated-measures  lme4-nlme 

Saya melihat disebutkan di berbagai tempat bahwa ANOVA melakukan estimasi menggunakan metode momen. Saya bingung dengan pernyataan itu karena, meskipun saya tidak terbiasa dengan metode momen, pemahaman saya adalah bahwa itu adalah sesuatu yang berbeda dan tidak setara dengan metode kemungkinan maksimum; di sisi lain, ANOVA dapat dilihat sebagai regresi …

13 anova  mixed-model  maximum-likelihood  method-of-moments 

Saya belajar dalam statistik dasar bahwa, dengan model linear umum, agar kesimpulan valid, pengamatan harus independen. Ketika pengelompokan terjadi, independensi mungkin tidak lagi mengarah pada inferensi yang tidak valid kecuali hal ini diperhitungkan. Salah satu cara untuk menjelaskan pengelompokan tersebut adalah dengan menggunakan model campuran. Saya ingin mencari contoh dataset, …

13 r  mixed-model  inference  independence 

Mari kita pertimbangkan dataset hipotetis ini: set.seed(12345) num.subjects <- 10 dose <- rep(c(1,10,50,100), num.subjects) subject <- rep(1:num.subjects, each=4) group <- rep(1:2, each=num.subjects/2*4) response <- dose*dose/10 * group + rnorm(length(dose), 50, 30) df <- data.frame(dose=dose, response=response, subject=subject, group=group) bisa kita gunakan lmeuntuk memodelkan respons dengan model efek acak: require(nlme) model <- …

13 mixed-model  linear-model  prediction 

Misalkan saya telah mengukur beberapa variabel dalam saudara kandung, yang bersarang di dalam keluarga. Struktur data terlihat seperti ini: nilai saudara kandung ------ ------- ----- 1 1 y_11 1 2 y_12 2 1 y_21 2 2 y_22 2 3 y_23 ... ... ... Saya ingin tahu korelasi antara pengukuran yang …

13 mixed-model  intraclass-correlation 

Adakah yang bisa memberi tahu saya perbedaan antara menggunakan aov()dan lme()untuk menganalisis data longitudinal dan bagaimana menafsirkan hasil dari kedua metode ini? Di bawah ini, saya menganalisis dataset yang sama menggunakan aov()dan lme()dan mendapatkan 2 hasil yang berbeda. Dengan aov(), saya mendapat hasil yang signifikan dalam waktu dengan interaksi pengobatan, …

13 r  mixed-model  repeated-measures  panel-data 

Saya sudah sering mendengar bahwa model LME lebih baik dalam analisis data akurasi (yaitu, dalam eksperimen psikologi), karena mereka dapat bekerja dengan distribusi binomial dan non-normal lainnya yang tidak bisa dilakukan oleh pendekatan tradisional (misalnya, ANOVA). Apa dasar matematika dari model LME yang memungkinkan mereka untuk memasukkan distribusi lain ini, …

13 mixed-model 

Saya telah membaca tentang menghitung nilai dalam model campuran dan setelah membaca FAQ R-sig, posting lain di forum ini (saya akan menghubungkan beberapa tetapi saya tidak memiliki reputasi yang cukup) dan beberapa referensi lain yang saya pahami menggunakan dalam konteks model campuran rumit.R 2R2R2R^2R2R2R^2 Namun, saya baru saja menemukan dua …

13 r  mixed-model  r-squared  lme4-nlme 

Saya telah menganalisis beberapa data menggunakan pemodelan efek campuran linier dalam R. Saya berencana untuk membuat poster dengan hasilnya dan saya hanya ingin tahu apakah ada yang berpengalaman dengan model efek campuran dapat menyarankan plot mana yang akan digunakan dalam menggambarkan hasil dari model. Saya sedang memikirkan tentang plot sisa, …

13 r  data-visualization  mixed-model 

Saya ingin mendapatkan interval kepercayaan 95% pada prediksi nlmemodel campuran non-linear . Karena tidak ada standar yang disediakan untuk melakukan hal ini di dalam nlme, saya bertanya-tanya apakah benar menggunakan metode "interval prediksi populasi", sebagaimana diuraikan dalam bab buku Ben Bolker dalam konteks model yang sesuai dengan kemungkinan maksimum , …

12 r  mixed-model  confidence-interval  lme4-nlme 

Dalam pemodelan bertingkat, korelasi intraclass sering dihitung dari efek acak ANOVA ysaya j= γ00+ uj+ esaya jyij=γ00+uj+eij y_{ij} = \gamma_{00} + u_j + e_{ij} di mana kamujuju_j adalah tingkat-2 residual dan esaya jeije_{ij} adalah residual level-1. Kemudian kita mendapatkan σ^2kamuσ^u2\hat{\sigma}_u^2 dan σ 2 e untuk varians dari u j dan …

12 correlation  mixed-model  intraclass-correlation 

TL; DR: lme4optimasi tampaknya linier dalam jumlah parameter model secara default, dan jauh lebih lambat daripada glmmodel yang setara dengan variabel dummy untuk grup. Apakah ada yang bisa saya lakukan untuk mempercepatnya? Saya mencoba menyesuaikan model logit hierarkis yang cukup besar (~ baris 50k, 100 kolom, 50 grup). Memasukkan model …

12 r  mixed-model  optimization  lme4-nlme  numerics 

Ikhtisar pertanyaan Peringatan: Pertanyaan ini membutuhkan banyak pengaturan. Tolong bersamaku. Seorang kolega saya dan saya sedang mengerjakan desain eksperimen. Desainnya harus mengatasi sejumlah besar kendala, yang akan saya sebutkan di bawah ini. Saya telah mengembangkan desain yang memenuhi kendala dan memberi kami perkiraan yang tidak memihak tentang efek yang kami …

12 mixed-model  experiment-design  simulation  confounding