Ilmu Komputasi

Saya sedang mengembangkan beberapa kode yang lebih besar untuk melakukan perhitungan nilai eigen dari matriks jarang besar, dalam konteks fisika komputasi. Saya menguji rutinitas saya terhadap osilator harmonik sederhana dalam satu dimensi, karena nilai eigen dikenal secara analitis. Melakukannya dan membandingkan rutinitas saya sendiri dengan pemecah bawaan SciPy, saya telah …

15 python  sparse-matrix  numpy  eigenvalues 

Terkadang saat mengoptimalkan kode diperlukan untuk menentukan waktu bagian tertentu dari kode, saya telah menggunakan yang berikut selama bertahun-tahun tetapi bertanya-tanya apakah ada cara yang lebih sederhana / lebih baik untuk melakukannya? call system_clock(count_rate=clock_rate) !Find the time rate call system_clock(count=clock_start) !Start Timer call do_something_subroutine !This is what gets timed call …

15 optimization  fortran  profiling 

Saya telah mendengar secara anekdot bahwa ketika seseorang mencoba secara numerik melakukan integral dari formulir ∫∞0f( x ) J0( x )d x∫0∞f(x)J0(x)dx\int_0^\infty f(x) J_0(x)\,\mathrm{d}x dengan halus dan berperilaku baik (misalnya tidak sendiri sangat berosilasi, nonsingular, dll), maka itu akan membantu akurasi untuk menulis ulang sebagaif( x )f(x)f(x) 1π∫π0∫∞0f( x ) …

15 quadrature  special-functions 

Saya memiliki kumpulan data x1,x2,…,xkx1,x2,...,xkx_{1}, x_{2}, \ldots, x_{k} dan ingin mencari parameter mmm sedemikian sehingga meminimalkan jumlah ∑i=1k∣∣m−xi∣∣.∑saya=1k|m-xsaya|.\sum_{i=1}^{k}\big|m-x_i\big|. itu adalah minm∑i=1k∣∣m−xi∣∣.minm∑saya=1k|m-xsaya|.\min_{m}\sum_{i=1}^{k}\big|m-x_i\big|.

15 optimization  convex-optimization 

Apa sebenarnya koreksi balasan? Bisakah Anda menjelaskan kapan dibutuhkan dan mengapa?

15 computational-chemistry  basis-set 

Saya telah menggunakan HDF5 selama bertahun-tahun, tetapi seiring dengan bertambahnya ukuran dataset, saya mulai mengalami masalah yang sama seperti yang tercantum di sini http://cyrille.rossant.net/moving-away-hdf5/ Bisakah Anda mengarahkan saya ke format seperti HDF5 dengan - Dukungan yang baik untuk penulisan paralel - Dukungan untuk akses chunked dari matriks besar Kasus penggunaan …

15 data-storage 

Saya ingin menerapkan sistem penyelesaian ODE ke GPU, dalam pengaturan yang 'sepele parallelisable'. Misalnya, melakukan analisis sensitivitas dengan 512 set parameter yang berbeda. Idealnya saya ingin melakukan penyelesaian ODE dengan solver pencatat waktu adaptif yang cerdas seperti CVODE, daripada pencatat waktu yang tetap seperti Forward Euler, tetapi menjalankannya pada GPU …

15 ode  gpu 

Saya memparalelkan kode untuk memecahkan model keseimbangan populasi 5 dimensi secara numerik. Saat ini saya memiliki kode paralel MPICH2 yang sangat baik di FORTRAN tetapi ketika kami meningkatkan nilai parameter array menjadi terlalu besar untuk dijalankan dalam mode memori terdistribusi. Saya memiliki akses ke sebuah cluster dengan 15 node, di …

14 parallel-computing  fortran  numerics  mpi  compiling 

Saya memecahkan sistem dua digabungkan PDE dalam dua dimensi spasial dan waktu komputasi. Karena evaluasi fungsi mahal, saya ingin menggunakan metode multistep (diinisialisasi menggunakan Runge-Kutta 4-5). Metode Adams-Bashforth menggunakan lima evaluasi fungsi sebelumnya memiliki kesalahan global (ini adalah kasus di mana dalam artikel Wikipedia yang dirujuk di bawah), dan memerlukan …

14 pde  algorithms  finite-element  error-estimation 

Saya sedang melakukan beberapa simulasi persamaan Langevin, untuk berbagai kekuatan eksternal. Diberitahu bahwa C's rand()from stdlib.hdapat memperkenalkan bias pada hasil saya, saya menggunakan Twister Mersenne. Namun demikian, saya ingin tahu (dan melihat) persis apa jenis kesalahan yang dapat diperkenalkan oleh generator kongruensi linear dalam simulasi saya. Ini adalah hal-hal yang …

14 computational-physics 

Saya membandingkan dua metode berulang untuk membalikkan matriks kuadrat acak. Karena matriksnya acak, setiap test case mengambil jumlah iterasi dan waktu yang berbeda yang berbeda. Pertanyaan saya adalah, di atas rata-rata waktu CPU, adalah nilai rata-rata dari iterasi yang diambil oleh kedua metode informasi yang berguna untuk membandingkan metode.

14 performance  benchmarking 

Saat ini saya sedang menulis tesis PhD saya. Saya menghabiskan sebagian besar PhD saya membersihkan dan memperluas kode ilmiah yang ada, menerapkan praktik terbaik rekayasa perangkat lunak yang sebelumnya tidak digunakan, dan ingin menulis tentang ini dalam tesis saya. Daripada hanya mengatakan "Saya menambahkan tes unit", saya ingin dapat menulis …

14 reference-request 

Adakah orang di sini yang menggunakan komputasi ilmiah presisi ganda dengan GPU generasi baru (misalnya K20) melalui Python? Saya tahu bahwa teknologi ini berkembang pesat, tetapi apa cara terbaik untuk melakukan ini saat ini? GPU berada di luar ruang lingkup untuk perpustakaan ilmiah Python populer numpy dan scipy, dan saya …

14 python  gpu  precision 

Dalam simulasi semikonduktor, adalah umum bahwa persamaan diskalakan sehingga memiliki nilai yang dinormalisasi. Sebagai contoh, dalam kasus ekstrim kerapatan elektron dalam semikonduktor dapat bervariasi di atas 18 orde magnitudo, dan medan listrik dapat berubah bentuk, lebih dari 6 (atau lebih) orde magnitudo. Namun, surat kabar tidak pernah benar-benar memberikan alasan …

14 pde  condition-number  scaling 

Saya baru saja mulai bermain-main dengan FEniCS. Saya memecahkan Poisson dengan elemen urutan ke-3 dan ingin memvisualisasikan hasilnya. Namun, ketika saya menggunakan plot (u), visualisasi hanyalah interpolasi linier dari hasilnya. Saya mendapatkan hal yang sama ketika saya output ke VTK. Dalam kode lain yang saya kerjakan, saya menulis keluaran VTK …

14 finite-element  fenics