Ilmu Komputasi

Saya tahu bahwa sebagian besar metode untuk menemukan solusi perkiraan untuk skala PDE buruk dengan jumlah dimensi, dan bahwa Monte Carlo digunakan untuk situasi yang membutuhkan ~ 100 dimensi. Apa metode yang baik untuk memecahkan PDE secara numerik secara efisien dalam ~ 4-10 dimensi? 10-100? Apakah ada metode selain Monte …

14 pde  monte-carlo  high-dimensional 

Saya bermain-main dengan PETSc dan memperhatikan bahwa ketika saya menjalankan program saya dengan lebih dari satu proses melalui MPI tampaknya berjalan lebih lambat ! Bagaimana saya dapat memeriksa untuk melihat apa yang sedang terjadi?

14 linear-algebra  petsc 

Simulasi dinamika plasma kami sering menghasilkan terlalu banyak informasi. Selama simulasi, kami merekam berbagai properti fisik pada kisi (x, y, z, t) yang sebesar (8192x1024x1024x1500), untuk setidaknya 10 properti. Informasi ini diproses setelah simulasi selesai. Dengan itu kita membuat film properti, melakukan analisis Fourier, menghitung properti rata-rata. Pembuangan informasi sebanyak …

14 performance  io  data-management 

Saya bekerja cukup banyak dalam biologi matematika / epidemiologi, di mana sebagian besar karya ilmu pemodelan / komputasi masih didominasi oleh set ODE, diakui kadang-kadang set cukup rumit dari mereka. Salah satu kelebihan model-model ini adalah model-model itu agak mudah digambarkan dan ditiru. Tabel nilai parameter, dan persamaan itu sendiri …

14 ode  computational-biology 

Saya baru dalam simulasi dinamika molekul (MD). Apa kompleksitas simulasi dinamika molekul dalam hal waktu simulasi? Dengan kata lain, jika saya ingin meningkatkan waktu simulasi dari 10 nanodetik ke 20 nanodetik, apa yang bisa saya harapkan dalam hal peningkatan runtime?

14 molecular-dynamics  complexity 

Metode multigrid biasanya menyelesaikan masalah Dirichlet pada level (mis. Titik Jacobi atau Gauss-Seidel). Ketika menggunakan metode elemen hingga terus menerus, jauh lebih murah untuk merakit masalah Neumann kecil daripada merakit masalah Dirichlet kecil. Metode dekomposisi domain yang tidak tumpang tindih seperti BDDC (seperti FETI-DP) dapat diartikan sebagai metode multigrid yang …

14 pde  multigrid 

Apakah ada kasus di mana Hartree-Fock bukanlah pendekatan yang baik untuk menghitung geometri keseimbangan ketika molekul berada dalam kondisi tidak mengikat?

14 computational-chemistry  hartree-fock 

Misalkan saya memiliki dua file VTK, keduanya dalam format grid terstruktur. Grid terstruktur adalah sama (mereka memiliki daftar titik yang sama, dalam urutan yang sama), dan ada bidang, sebut saja "Phi", di setiap file VTK. Saya ingin membuat file VTK ketiga, sekali lagi dengan grid terstruktur yang sama, dan plot …

14 visualization  vtk 

Saya memiliki masalah pemrograman bilangan bulat campuran. Dan saya saat ini menggunakan GLPK sebagai solver saya. Tetapi saya menemukan bahwa GLPK baik untuk masalah Pemrograman Linier, tetapi untuk pemrograman Mixed Integer, membutuhkan waktu yang lebih lama, oleh karena itu tidak memenuhi persyaratan kami. Saya sangat mencari perangkat lunak lain. Apakah …

14 optimization  software  linear-programming  mixed-integer-programming 

Banyak pustaka C ++ yang lebih terkenal dalam ilmu komputasi seperti Eigen , Trilinos , dan deal.II menggunakan objek pustaka header template C ++ standar std::complex<>,, untuk mewakili angka floating-point yang kompleks. Dalam jawaban Jack Poulson untuk pertanyaan tentang konstruktor default, ia menunjukkan bahwa ia memiliki implementasinya sendiri std::complexdi Elemental …

14 linear-algebra  c++  programming-paradigms  complex 

Misalkan saya menggunakan generator nomor semu kongruen-acak (PRNG). Diberikan seed , faktor pengali (a), faktor shift (c) dan faktor modulus (m), bagaimana saya bisa menentukan periode PRNG saya? Apakah saya menentukannya dengan eksperimen / algoritma deteksi pola, atau adakah formula langsung untuk menghitung periodenya? x0x0x_0 Meskipun pertanyaan saya secara khusus …

14 random-number-generation 

Saya sangat tertarik dengan fisika komputasi dan sangat menyenangkan mempelajari topik-topik ini. Karena saya berencana untuk pergi satu semester di luar negeri, saya bertanya-tanya universitas apa yang dikenal untuk fisika komputasi? Terutama dalam hal universitas di AS? Saya sadar bahwa fisika komputasi bukanlah cabang fisika yang besar dan independen, tetapi …

14 education 

Saat menerapkan rumus klasik untuk sudut antara dua vektor: α=arccosv1⋅v2∥v1∥∥v2∥α=arccos⁡v1⋅v2‖v1‖‖v2‖\alpha = \arccos \frac{\mathbf{v_1} \cdot \mathbf{v_2}}{\|\mathbf{v_1}\| \|\mathbf{v_2}\|} orang menemukan bahwa, untuk sudut yang sangat kecil / akut, ada kehilangan presisi dan hasilnya tidak akurat. Seperti yang dijelaskan dalam jawaban Stack Overflow ini , salah satu solusinya adalah menggunakan arctangent sebagai gantinya: …

14 algorithms  precision  numerical-limitations 

Dalam proyek perangkat lunak yang saya kerjakan, perhitungan tertentu jauh lebih mudah untuk matriks peringkat rendah yang padat. Beberapa contoh masalah melibatkan matriks peringkat rendah yang padat, tetapi mereka diberikan kepada saya secara penuh, bukan sebagai faktor, jadi saya harus memeriksa peringkat dan faktor matriks jika saya ingin mengambil keuntungan …

13 linear-algebra  matrix  lapack  rank  matrix-factorization 

Latar Belakang Saya sedang memecahkan varian persamaan Ornstein-Zernike dari teori cair. Secara abstrak, masalah dapat direpresentasikan sebagai penyelesaian masalah titik tetap , di mana A adalah operator integro-aljabar dan adalah fungsi solusi (fungsi korelasi langsung OZ). Saya menyelesaikan dengan iterasi Picard, di mana saya memberikan solusi uji coba awal dan …

13 iterative-method  convergence