Pertanyaan yang diberi tag «petsc»

Saya memiliki beberapa masalah optimisasi global non-cembung yang menantang untuk dipecahkan. Saat ini saya menggunakan MATLAB's Optimization Toolbox (khusus, fmincon()dengan algoritma = 'sqp'), yang cukup efektif . Namun, sebagian besar kode saya menggunakan Python, dan saya ingin melakukan optimasi dengan Python juga. Apakah ada pemecah NLP dengan binding Python yang …

77 python  optimization  nonlinear-programming  linear-algebra  linear-solver  sparse-matrix  ode  automatic-differentiation  efficiency  matrix  symbolic-computation  pde  multiphysics  operator-splitting  fluid-dynamics  pde  multigrid  pde  hyperbolic-pde  quadrature  precision  numerical-analysis  fluid-dynamics  interpolation  c  ode  testing  data-sets  pde  fluid-dynamics  hyperbolic-pde  pde  finite-element  fluid-dynamics  stability  incompressible  pde  hyperbolic-pde  fluid-dynamics  pde  precision  floating-point  convex-optimization  conditioning  pde  hyperbolic-pde  stability  implicit-methods  explicit-methods  fluid-dynamics  accuracy  pde  hyperbolic-pde  petsc  linear-algebra 

Apa yang bisa salah ketika menggunakan metode Krylov yang dikondisikan sebelumnya dari KSP ( paket solver linier PETSc ) untuk menyelesaikan sistem linier yang jarang seperti yang diperoleh dengan mengkritisi dan membuat linierisasi persamaan diferensial parsial? Langkah apa yang bisa saya ambil untuk menentukan apa yang salah untuk masalah saya? …

26 linear-algebra  petsc  preconditioning  krylov-method  iterative-method 

Sejauh yang saya tahu, dua kerangka kerja perangkat lunak ilmu komputasi generik besar Departemen Energi AS adalah PETSc dan Trilinos . Sepintas mereka tampak serupa, di luar perbedaan bahasa (C versus C ++). Apa perbedaan utama antara kedua kerangka kerja, dan faktor-faktor apa yang harus memengaruhi memilih satu dari yang …

24 petsc  software  trilinos 

Saya menggunakan paket PETSc non -linier SNES untuk menyelesaikan sistem persamaan nonlinier yang diperoleh dengan mendiskritisasi persamaan diferensial parsial. Bagaimana saya bisa menentukan mengapa pemecah tidak konvergen dan apa yang bisa saya lakukan untuk berhasil menyelesaikan persamaan saya?

22 petsc  pde  implicit-methods 

Saya berencana menggunakan multigrid untuk menghitung beberapa nilai eigen dan vektor, dan saya perhatikan PETSc memiliki dukungan tingkat tinggi untuk multigrid. Dokumentasi PETSc mengatakan bahwa bagian PETSc ini tidak boleh digunakan, karena akan segera diganti. Perpustakaan lain mana yang memiliki dukungan tingkat tinggi untuk multigrid, dan kira-kira seberapa cepat PETSc …

17 petsc  libraries  multigrid 

Saya ingin tahu apakah ada cara cepat untuk menghitung jarak Euclidean dari dua vektor dalam Oktaf. Sepertinya tidak ada fungsi khusus untuk itu, jadi haruskah saya menggunakan rumus saja sqrt?

16 octave  discretization  nonlinear-equations  newton-method  visualization  fluid-dynamics  mesh-generation  finite-element  finite-volume  optimization  algorithms  approximation  fluid-dynamics  navier-stokes  comsol  modeling  optimization  sparse-matrix  matrix  condition-number  visualization  matlab  quadrature  blas  intel-mkl  finite-element  gpu  discontinuous-galerkin  mathematica  optimization  convex-optimization  algorithms  reference-request  matlab  statistics  finite-element  numerical-analysis  petsc  molecular-dynamics  machine-learning  statistics  visualization  open-source  statistics  image-processing  visualization  python  petsc  finite-element  fluid-dynamics  stability  navier-stokes  incompressible 

Saya memiliki PETSc Matdan ingin memperkirakan jumlah kondisinya.

15 petsc  linear-algebra 

Di mana pun saya melihat, tutorial / dokumen dll PETSc mengatakan bahwa itu berguna untuk aljabar linier dan biasanya menentukan bahwa sistem jarang akan mendapat manfaat. Bagaimana dengan matriks padat? Saya khawatir tentang menyelesaikan untuk padat .A x = bAx=bAx=bSEBUAHAA Saya telah menulis kode saya sendiri untuk CG dan QMR …

14 linear-algebra  petsc  blas 

Saya bermain-main dengan PETSc dan memperhatikan bahwa ketika saya menjalankan program saya dengan lebih dari satu proses melalui MPI tampaknya berjalan lebih lambat ! Bagaimana saya dapat memeriksa untuk melihat apa yang sedang terjadi?

14 linear-algebra  petsc 

Biasanya, saya menulis kode seri, dan ketika saya melakukannya, saya menulis unit test dengan beberapa kerangka pengujian gaya xUnit (MATLAB xUnit, PyUnit / nose, atau kerangka pengujian C ++ Google). Berdasarkan pencarian Google sepintas, saya belum melihat banyak tentang bagaimana praktisi menguji kode yang menggunakan MPI. Apakah ada praktik terbaik …

13 parallel-computing  petsc  mpi  testing  reproducibility 

Pertanyaan: Metode apa yang tersedia untuk secara akurat dan efisien menghitung struktur sparsity dari matriks elemen hingga? Info: Saya sedang mengerjakan pemecah Persamaan Tekanan Poisson, menggunakan metode Galerkin dengan basis Lagrange kuadratik, ditulis dalam C, dan menggunakan PETSc untuk penyimpanan matriks jarang dan rutinitas KSP. Untuk menggunakan PETSc secara efisien, …

13 matrix  finite-element  petsc  performance 

Sistem saya adalah masalah FE simetris dengan pengganda lagrange (misalnya aliran Stokes yang tidak dapat dikompresi): ( ABBTC)(SEBUAHBTBC)\begin{pmatrix}A & B^T \\ B & C\end{pmatrix} di mana adalah kasus khas (saya bahkan telah memastikan bahwa persamaan diberi nomor sehingga pengali Lagrange muncul terakhir). Sistem ini cukup besar (garis + 100k).C= 0C=0C …

12 finite-element  petsc  krylov-method  preconditioning 

Saya perlu memecahkan sistem linear yang jarang sama (300x300 hingga 1000x1000) dengan banyak sisi kanan (300 hingga 1000). Selain masalah pertama ini, saya juga ingin menyelesaikan sistem yang berbeda, tetapi dengan elemen bukan nol yang sama (hanya nilai yang berbeda), yaitu banyak sistem jarang dengan pola sparsity konstan. Matriks saya …

12 linear-algebra  petsc  linear-solver  sparse-matrix 

Seberapa lambatkah petsc4py vs c / c ++ / fortran? Saya menyadari itu akan sangat tergantung pada kode yang dieksekusi, tetapi bagaimana dengan sesuatu yang sederhana seperti produk matriks-vektor?

11 petsc  python 

Berikut ini adalah penggunaan khas pointer fungsi di C. Saya ingin melakukan sesuatu yang serupa di Fortran. Saya punya beberapa ide, tetapi saya ingin tahu apakah ada cara kanonik untuk melakukannya. Pointer fungsi dan konteks yang dilewatkan oleh pengguna disimpan, lalu dipanggil nanti. typedef PetscErrorCode (*TSIFunction)(TS,PetscReal,Vec,Vec,Vec,void*); PetscErrorCode TSSetIFunction(TS ts,Vec res,TSIFunction …

11 petsc  fortran