Pertanyaan yang diberi tag «jags»

Saya akan mencoba lingkungan gaya BUGS untuk memperkirakan model Bayesian. Apakah ada keuntungan penting untuk dipertimbangkan dalam memilih antara OpenBugs atau JAGS? Apakah salah satu akan menggantikan yang lain di masa mendatang? Saya akan menggunakan Gibbs Sampler yang dipilih dengan R. Saya belum memiliki aplikasi spesifik, tetapi saya sedang memutuskan …

41 r  software  bugs  jags  gibbs 

Saya telah menemukan beberapa distribusi yang BUGS dan R memiliki parameterisasi berbeda: Normal, log-Normal, dan Weibull. Untuk masing-masing ini, saya mengumpulkan bahwa parameter kedua yang digunakan oleh R perlu diubah terbalik (1 / parameter) sebelum digunakan dalam BUGS (atau JAGS dalam kasus saya). Adakah yang tahu daftar lengkap transformasi yang …

31 r  distributions  bugs  jags  parameterization 

Dalam makalahnya yang dikutip secara luas, distribusi Prior untuk parameter varians dalam model hierarkis (916 kutipan sejauh ini di Google Cendekia) Gelman mengusulkan bahwa distribusi sebelumnya yang tidak informatif untuk varian dalam model Bayesian hirarkis adalah distribusi seragam dan distribusi t setengah. Jika saya memahami hal-hal yang benar ini berfungsi …

16 bayesian  variance  prior  jags  hierarchical-bayesian 

Saya pikir saya mungkin mempermainkan beberapa pemilihan variabel Bayesian, mengikuti posting blog yang bagus dan makalah terkait di dalamnya. Saya menulis sebuah program dalam rjags (di mana saya cukup pemula) dan mengambil data harga untuk Exxon Mobil, bersama dengan beberapa hal yang tidak mungkin menjelaskan pengembaliannya (misalnya harga paladium) dan …

14 regression  bayesian  multiple-regression  feature-selection  jags 

Saya baru mulai belajar menggunakan Stan dan rstan. Kecuali saya selalu bingung tentang cara kerja JAGS / BUGS, saya pikir Anda selalu harus mendefinisikan distribusi jenis sebelumnya untuk setiap parameter dalam model yang akan diambil. Tampaknya Anda tidak harus melakukan ini di Stan berdasarkan pada dokumentasinya. Berikut contoh model yang …

14 mcmc  prior  jags  graphical-model  stan 

Ada beberapa makalah matematika-berat yang menggambarkan Bayesian Lasso, tapi saya ingin menguji, kode JAGS benar yang bisa saya gunakan. Bisakah seseorang memposting sampel kode BUGS / JAGS yang mengimplementasikan regresi logistik yang diatur? Skema apa pun (L1, L2, Elasticnet) akan bagus, tetapi Lasso lebih disukai. Saya juga bertanya-tanya apakah ada …

13 bayesian  logistic  lasso  jags  regularization 

Saya mencoba menyesuaikan model hierarkis menggunakan jags, dan paket rjags. Variabel hasil saya adalah y, yang merupakan urutan uji coba bernoulli. Saya memiliki 38 subjek manusia yang berkinerja di bawah dua kategori: P dan M. Berdasarkan analisis saya, setiap pembicara memiliki probabilitas keberhasilan dalam kategori P dari dan probabilitas keberhasilan …

13 mcmc  multilevel-analysis  jags 

Saya telah menggunakan rjags untuk menjalankan MCMC pada model, yang ditentukan dalam bahasa JAGS. Apakah ada cara yang baik untuk mengekstrak model itu dan melakukan prediksi dengannya (menggunakan distribusi posterior parameter saya)? Saya dapat menentukan kembali model dalam R dan menyambungkan mode posteriors parameter saya; Saya hanya ingin tahu apakah …

12 r  jags 

Saya mencoba mengatur model poisson nol-meningkat di R dan JAGS. Saya baru mengenal JAGS dan saya perlu beberapa panduan tentang cara melakukannya. Saya sudah mencoba dengan yang berikut ini di mana y [i] adalah variabel yang diamati model { for (i in 1:I) { y.null[i] <- 0 y.pois[i] ~ dpois(mu[i]) …

12 r  poisson-distribution  jags  zero-inflation 

Sepertinya persyaratan penuh seringkali cukup sulit diperoleh, namun program seperti JAGS dan BUGS mendapatkannya secara otomatis. Dapatkah seseorang menjelaskan bagaimana mereka secara algoritmik menghasilkan persyaratan penuh untuk spesifikasi model yang sewenang-wenang?

11 bayesian  conditional-probability  jags  bugs  gibbs 

Saya sedang membangun model Bayesian hierarkis yang agak rumit untuk meta-analisis menggunakan R dan JAGS. Menyederhanakan sedikit, dua tingkat kunci dari model memiliki mana adalah th pengamatan titik akhir (dalam hal ini, hasil panen GM vs non-GM) dalam studi , adalah efek untuk studi , s adalah efek untuk berbagai …

10 autocorrelation  multilevel-analysis  mcmc  jags 

Di Rkita dapat "bobot sebelumnya" glmregresi melalui parameter bobot . Sebagai contoh: glm.D93 <- glm(counts ~ outcome + treatment, family = poisson(), weights=w) Bagaimana ini bisa dicapai dalam model JAGSatau BUGS? Saya menemukan beberapa makalah yang membahas hal ini, tetapi tidak ada yang memberikan contoh. Saya tertarik terutama ke dalam …

10 bayesian  generalized-linear-model  jags  bugs  weighted-regression 

Saya baru saja (kembali) membaca Gelman's Why kita (biasanya) tidak perlu khawatir tentang beberapa perbandingan . Khususnya bagian "Berbagai hasil dan tantangan lain" menyebutkan menggunakan model hierarkis untuk situasi ketika ada beberapa tindakan terkait dari orang / unit yang sama pada waktu / kondisi yang berbeda. Tampaknya memiliki sejumlah properti …

10 multiple-comparisons  multilevel-analysis  lme4-nlme  jags  hierarchical-bayesian 

Saya mencoba membangun sebuah model di mana responsnya adalah proporsi (sebenarnya itu adalah bagian dari suara yang didapat partai di daerah pemilihan). Distribusi tidak normal, jadi saya memutuskan untuk memodelkannya dengan distribusi beta. Saya juga punya beberapa prediktor. Namun, saya tidak tahu bagaimana menulisnya dalam BUGS / JAGS / STAN …

10 bayesian  jags  bugs  beta-regression  stan 

Saya punya pertanyaan tentang bagaimana menyesuaikan masalah sensor di JAGS. Saya mengamati campuran bivariat normal di mana nilai X memiliki kesalahan pengukuran. Saya ingin memodelkan 'sarana' yang mendasari sebenarnya dari nilai-nilai yang disensor yang diamati. ⌈xtrue+ϵ⌉=xobserved ϵ∼N(0,sd=.5)⌈xtrue+ϵ⌉=xobserved ϵ∼N(0,sd=.5)\begin{align*} \lceil x_{true}+\epsilon \rceil = x_{observed} \ \epsilon \sim N(0,sd=.5) \end{align*} Inilah yang …

10 mcmc  censoring  truncation  jags