Pertanyaan yang diberi tag «lme4-nlme»

Ada banyak diskusi yang terjadi di forum ini tentang cara yang tepat untuk menentukan berbagai model hirarkis yang digunakan lmer. Saya pikir akan bagus jika memiliki semua informasi di satu tempat. Beberapa pertanyaan untuk memulai: Bagaimana cara menentukan beberapa level, di mana satu kelompok bersarang di dalam yang lain: apakah …

160 r  mixed-model  random-effects-model  fixed-effects-model  lme4-nlme 

Inilah cara saya memahami efek acak bersarang vs. bersilangan: Efek acak bersarang terjadi ketika faktor level yang lebih rendah hanya muncul dalam level tertentu dari faktor level atas. Misalnya, siswa dalam kelas pada titik waktu tertentu. Dalam lme4saya pikir kami mewakili efek acak untuk data bersarang dalam salah satu dari …

88 r  mixed-model  multilevel-analysis  lme4-nlme 

Jika kita memasang glmer, kita mungkin mendapat peringatan yang memberitahu kita bahwa model tersebut mengalami kesulitan untuk berkumpul ... misalnya >Warning message: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv, : Model failed to converge with max|grad| = 0.00389462 (tol = 0.001) Cara lain untuk memeriksa konvergensi yang dibahas di utas …

88 r  mixed-model  lme4-nlme 

Menyesuaikan regresi logistik menggunakan lme4 berakhir dengan Error in mer_finalize(ans) : Downdated X'X is not positive definite. Kemungkinan penyebab kesalahan ini adalah kelangkaan peringkat. Apa itu kekurangan peringkat, dan bagaimana saya harus mengatasinya?

87 r  logistic  lme4-nlme 

Saya muat beberapa model efek campuran (terutama model longitudinal) menggunakan lme4di Rtetapi ingin benar-benar menguasai model dan kode yang terjadi dengan mereka. Namun, sebelum menyelam dengan kedua kaki (dan membeli beberapa buku) saya ingin memastikan bahwa saya belajar perpustakaan yang tepat. Saya telah menggunakan lme4sampai sekarang karena saya baru saja …

85 r  mixed-model  lme4-nlme 

Saya menggunakan lme4 dalam R agar sesuai dengan model campuran lmer(value~status+(1|experiment))) di mana nilai kontinu, status dan percobaan adalah faktor, dan saya dapatkan Linear mixed model fit by REML Formula: value ~ status + (1 | experiment) AIC BIC logLik deviance REMLdev 29.1 46.98 -9.548 5.911 19.1 Random effects: Groups …

56 r  hypothesis-testing  mixed-model  p-value  lme4-nlme 

Saya dulu berpikir bahwa "model efek acak" dalam ekonometrik sesuai dengan "model campuran dengan intersep acak" di luar ekonometrik, tetapi sekarang saya tidak yakin. Melakukannya? Ekonometrik menggunakan istilah-istilah seperti "efek tetap" dan "efek acak" agak berbeda dari literatur pada model campuran, dan ini menyebabkan kebingungan yang terkenal. Mari kita perhatikan …

56 mixed-model  econometrics  panel-data  lme4-nlme  plm 

Baru-baru ini saya mengukur bagaimana arti kata baru diperoleh dari eksposur berulang (praktek: hari 1 hingga hari 10) dengan mengukur ERP (EEG) ketika kata itu dilihat dalam konteks yang berbeda. Saya juga mengendalikan sifat-sifat konteks, misalnya, kegunaannya untuk penemuan makna kata baru (tinggi vs rendah). Saya terutama tertarik pada efek …

55 r  mixed-model  lme4-nlme  random-effects-model 

Saya bertanya-tanya apakah itu membuat perbedaan dalam interpretasi apakah hanya dependen, baik dependen dan independen, atau hanya variabel independen yang ditransformasikan log. Pertimbangkan kasus log(DV) = Intercept + B1*IV + Error Saya bisa menafsirkan IV sebagai peningkatan persen tetapi bagaimana ini berubah ketika saya punya log(DV) = Intercept + B1*log(IV) …

46 regression  data-transformation  interpretation  regression-coefficients  logarithm  r  dataset  stata  hypothesis-testing  contingency-tables  hypothesis-testing  statistical-significance  standard-deviation  unbiased-estimator  t-distribution  r  functional-data-analysis  maximum-likelihood  bootstrap  regression  change-point  regression  sas  hypothesis-testing  bayesian  randomness  predictive-models  nonparametric  terminology  parametric  correlation  effect-size  loess  mean  pdf  quantile-function  bioinformatics  regression  terminology  r-squared  pdf  maximum  multivariate-analysis  references  data-visualization  r  pca  r  mixed-model  lme4-nlme  distributions  probability  bayesian  prior  anova  chi-squared  binomial  generalized-linear-model  anova  repeated-measures  t-test  post-hoc  clustering  variance  probability  hypothesis-testing  references  binomial  profile-likelihood  self-study  excel  data-transformation  skewness  distributions  statistical-significance  econometrics  spatial  r  regression  anova  spss  linear-model 

EDIT 2: Awalnya saya pikir saya perlu menjalankan ANOVA dua faktor dengan tindakan berulang pada satu faktor, tapi saya sekarang berpikir model efek campuran linear akan bekerja lebih baik untuk data saya. Saya pikir saya hampir tahu apa yang perlu terjadi, tetapi saya masih bingung dengan beberapa poin. Eksperimen yang …

41 r  anova  mixed-model  repeated-measures  lme4-nlme 

Secara numerik menurunkan MLE pada GLMM adalah sulit dan, dalam praktiknya, saya tahu, kita tidak boleh menggunakan optimasi brute force (misalnya, menggunakan optimdengan cara sederhana). Tetapi untuk tujuan pendidikan saya sendiri, saya ingin mencobanya untuk memastikan saya memahami model dengan benar (lihat kode di bawah). Saya menemukan bahwa saya selalu …

37 r  maximum-likelihood  optimization  lme4-nlme 

Saya ingin mendapatkan interval prediksi sekitar prediksi dari model lmer (). Saya telah menemukan beberapa diskusi tentang ini: http://rstudio-pubs-static.s3.amazonaws.com/24365_2803ab8299934e888a60e7b16113f619.html http://glmm.wikidot.com/faq tetapi mereka tampaknya tidak memperhitungkan ketidakpastian efek acak. Inilah contoh spesifik. Saya balap ikan emas. Saya memiliki data pada 100 balapan terakhir. Saya ingin memprediksi 101, dengan mempertimbangkan ketidakpastian estimasi …

37 r  mixed-model  prediction  prediction-interval  lme4-nlme 

Effectspaket menyediakan cara yang sangat cepat dan mudah untuk memplot hasil model efek campuran linier yang diperoleh melalui lme4paket . The effectinterval fungsi menghitung kepercayaan (CI) sangat cepat, tapi bagaimana dapat dipercaya adalah interval keyakinan ini? Sebagai contoh: library(lme4) library(effects) library(ggplot) data(Pastes) fm1 <- lmer(strength ~ batch + (1 | …

36 r  mixed-model  confidence-interval  effects  lme4-nlme 

Baru-baru ini saya menyadari bahwa model campuran dengan subjek hanya sebagai faktor acak dan faktor-faktor lain sebagai faktor tetap setara dengan ANOVA ketika menetapkan struktur korelasional dari model campuran ke senyawa simetri. Oleh karena itu saya ingin tahu apa arti dari simetri majemuk dalam konteks ANOVA campuran (yaitu, petak-petak), paling …

35 correlation  anova  mixed-model  lme4-nlme 

Saya memiliki data yang dikumpulkan dari percobaan yang diselenggarakan sebagai berikut: Dua situs, masing-masing dengan 30 pohon. 15 dirawat, 15 kontrol di setiap situs. Dari setiap pohon, kami mengambil sampel tiga potong batang, dan tiga potong akar, sehingga 6 tingkat 1 sampel per pohon yang diwakili oleh salah satu dari …

34 r  mixed-model  model  nested-data  lme4-nlme