Pertanyaan yang diberi tag «lme4-nlme»

Saya merevisi makalah tentang penyerbukan, di mana data didistribusikan secara biner (buah matang atau tidak). Jadi saya menggunakan glmersatu efek acak (tanaman individu) dan satu efek tetap (pengobatan). Peninjau ingin tahu apakah tanaman berpengaruh pada set buah - tetapi saya mengalami kesulitan menafsirkan glmerhasilnya. Saya sudah membaca di web dan …

13 r  generalized-linear-model  variance  lme4-nlme  ecology 

Saya telah membaca tentang menghitung nilai dalam model campuran dan setelah membaca FAQ R-sig, posting lain di forum ini (saya akan menghubungkan beberapa tetapi saya tidak memiliki reputasi yang cukup) dan beberapa referensi lain yang saya pahami menggunakan dalam konteks model campuran rumit.R 2R2R2R^2R2R2R^2 Namun, saya baru saja menemukan dua …

13 r  mixed-model  r-squared  lme4-nlme 

Saya ingin mendapatkan interval kepercayaan 95% pada prediksi nlmemodel campuran non-linear . Karena tidak ada standar yang disediakan untuk melakukan hal ini di dalam nlme, saya bertanya-tanya apakah benar menggunakan metode "interval prediksi populasi", sebagaimana diuraikan dalam bab buku Ben Bolker dalam konteks model yang sesuai dengan kemungkinan maksimum , …

12 r  mixed-model  confidence-interval  lme4-nlme 

TL; DR: lme4optimasi tampaknya linier dalam jumlah parameter model secara default, dan jauh lebih lambat daripada glmmodel yang setara dengan variabel dummy untuk grup. Apakah ada yang bisa saya lakukan untuk mempercepatnya? Saya mencoba menyesuaikan model logit hierarkis yang cukup besar (~ baris 50k, 100 kolom, 50 grup). Memasukkan model …

12 r  mixed-model  optimization  lme4-nlme  numerics 

Saya adalah pengguna yang lebih terbiasa dengan R, dan telah mencoba memperkirakan lereng acak (koefisien seleksi) untuk sekitar 35 individu selama 5 tahun untuk empat variabel habitat. Variabel respons adalah apakah suatu lokasi merupakan habitat "bekas" (1) atau "tersedia" (0) ("digunakan" di bawah). Saya menggunakan komputer Windows 64-bit. Dalam R …

12 r  binomial  sas  random-effects-model  lme4-nlme 

Data saya dijelaskan di sini Apa yang dapat menyebabkan "Error () model singular error" di aov saat memasang ANOVA tindakan berulang? Saya mencoba untuk melihat efek dari interaksi menggunakan lmersehingga kasus dasar saya adalah: my_null.model <- lmer(value ~ Condition+Scenario+ (1|Player)+(1|Trial), data = my, REML=FALSE) my.model <- lmer(value ~ Condition*Scenario+ (1|Player)+(1|Trial), …

12 r  lme4-nlme 

Saya memiliki satu set data yang sangat kecil tentang kelimpahan lebah soliter yang saya kesulitan analisis. Ini menghitung data, dan hampir semua penghitungan berada dalam satu perawatan dengan sebagian besar nol dalam perawatan lainnya. Ada juga beberapa nilai yang sangat tinggi (masing-masing di dua dari enam situs), sehingga distribusi jumlah …

12 count-data  negative-binomial  mixed-model  zero-inflation  lme4-nlme 

Saya mendapat kesan bahwa fungsi lmer()dalam lme4paket tidak menghasilkan nilai-p (lihat lmer, nilai-p dan semua itu ). Saya telah menggunakan MCMC menghasilkan nilai p sebagai per pertanyaan ini: Efek signifikan dalam lme4model campuran dan pertanyaan ini: Tidak dapat menemukan nilai-p dalam output dari lmer()dalam lm4paket diR . Baru-baru ini saya …

12 r  mixed-model  p-value  mcmc  lme4-nlme 

Saya memiliki kumpulan data deret waktu yang saya coba paskan dengan Hidden Markov Model (HMM) untuk memperkirakan jumlah status laten dalam data. Kode pseudo saya untuk melakukan ini adalah sebagai berikut: for( i in 2 : max_number_of_states ){ ... calculate HMM with i states ... optimal_number_of_states = "model with smallest …

12 r  aic  hidden-markov-model  bic  spss  manova  time-series  r  lme4-nlme  regression  modeling  negative-binomial  bayesian  bugs  state-space-models  hypothesis-testing  data-transformation  factor-analysis  sem 

Saya menyesuaikan model efek acak dengan glmerbeberapa data bisnis. Tujuannya adalah untuk menganalisis kinerja penjualan oleh distributor, dengan mempertimbangkan variasi regional. Saya memiliki variabel berikut: distcode: ID distributor, dengan sekitar 800 level region: ID geografis tingkat atas (utara, selatan, timur, barat) zone: geografi tingkat menengah bersarang di dalam region, sekitar …

12 r  regression  mixed-model  lme4-nlme 

Saya memiliki model berikut: > model1<-lmer(aph.remain~sMFS1+sAG1+sSHDI1+sbare+season+crop +(1|landscape),family=poisson) ... dan ini adalah output ringkasan. > summary(model1) Generalized linear mixed model fit by the Laplace approximation Formula: aph.remain ~ sMFS1 + sAG1 + sSHDI1 + sbare + season + crop + (1 | landscape) AIC BIC logLik deviance 4057 4088 -2019 4039 …

12 r  poisson-distribution  lme4-nlme  glmm  overdispersion 

Saya mencoba menganalisis data tindakan berulang dan berusaha untuk membuatnya bekerja R. Data saya pada dasarnya adalah sebagai berikut, saya memiliki dua kelompok perlakuan. Setiap subjek dalam setiap kelompok diuji setiap hari dan diberi skor (persentase benar pada suatu tes). Data dalam format panjang: Time Percent Subject Group 1 0 …

12 r  mixed-model  repeated-measures  lme4-nlme 

Saya sudah cocok dengan model lmer dengan yang berikut ini (walaupun dibuat keluaran): Random effects: Groups Name Std.Dev. day:sample (Intercept) 0.09 sample (Intercept) 0.42 Residual 0.023 Saya benar-benar ingin membangun interval kepercayaan untuk setiap efek menggunakan rumus berikut: ( n - 1 ) s2χ2α / 2 , n - 1, …

11 lme4-nlme  mixed-model 

Saya menjalankan glmm dengan variabel respons binomial dan prediktor kategoris. Efek acak diberikan oleh desain bersarang yang digunakan untuk pengumpulan data. Data terlihat seperti ini: m.gen1$treatment [1] sucrose control protein control no_injection ..... Levels: no_injection control sucrose protein m.gen1$emergence [1] 1 0 0 1 0 1 1 1 1 1 …

11 r  generalized-linear-model  lme4-nlme  separation 

Pertanyaan saya didasarkan pada respons ini yang menunjukkan lme4::lmermodel mana yang sesuai dengan langkah-langkah berulang ANOVA dua arah: require(lme4) set.seed(1234) d <- data.frame( y = rnorm(96), subject = factor(rep(1:12, 4)), a = factor(rep(1:2, each=24)), b = factor(rep(rep(1:2, each=12))), c = factor(rep(rep(1:2, each=48)))) # standard two-way repeated measures ANOVA: summary(aov(y~a*b+Error(subject/(a*b)), d[d$c …

11 r  anova  mixed-model  repeated-measures  lme4-nlme