Pertanyaan yang diberi tag «lme4-nlme»

lme4 dan nlme adalah paket R yang digunakan untuk pemasangan model efek campuran linier, linier umum, dan nonlinier. Untuk pertanyaan umum tentang model campuran, gunakan tag [model campuran].

1
R / mgcv: Mengapa produk tensor () dan ti () menghasilkan permukaan yang berbeda?
The mgcvpaket untuk Rmemiliki dua fungsi untuk pas interaksi produk tensor: te()dan ti(). Saya memahami pembagian kerja dasar antara keduanya (menyesuaikan interaksi non-linear vs menguraikan interaksi ini menjadi efek utama dan interaksi). Yang tidak saya mengerti adalah mengapa te(x1, x2)dan ti(x1) + ti(x2) + ti(x1, x2)mungkin menghasilkan (sedikit) hasil yang …
11 r  gam  mgcv  conditional-probability  mixed-model  references  bayesian  estimation  conditional-probability  machine-learning  optimization  gradient-descent  r  hypothesis-testing  wilcoxon-mann-whitney  time-series  bayesian  inference  change-point  time-series  anova  repeated-measures  statistical-significance  bayesian  contingency-tables  regression  prediction  quantiles  classification  auc  k-means  scikit-learn  regression  spatial  circular-statistics  t-test  effect-size  cohens-d  r  cross-validation  feature-selection  caret  machine-learning  modeling  python  optimization  frequentist  correlation  sample-size  normalization  group-differences  heteroscedasticity  independence  generalized-least-squares  lme4-nlme  references  mcmc  metropolis-hastings  optimization  r  logistic  feature-selection  separation  clustering  k-means  normal-distribution  gaussian-mixture  kullback-leibler  java  spark-mllib  data-visualization  categorical-data  barplot  hypothesis-testing  statistical-significance  chi-squared  type-i-and-ii-errors  pca  scikit-learn  conditional-expectation  statistical-significance  meta-analysis  intuition  r  time-series  multivariate-analysis  garch  machine-learning  classification  data-mining  missing-data  cart  regression  cross-validation  matrix-decomposition  categorical-data  repeated-measures  chi-squared  assumptions  contingency-tables  prediction  binary-data  trend  test-for-trend  matrix-inverse  anova  categorical-data  regression-coefficients  standard-error  r  distributions  exponential  interarrival-time  copula  log-likelihood  time-series  forecasting  prediction-interval  mean  standard-error  meta-analysis  meta-regression  network-meta-analysis  systematic-review  normal-distribution  multiple-regression  generalized-linear-model  poisson-distribution  poisson-regression  r  sas  cohens-kappa 
2
Bagaimana cara melakukan perbandingan post-hoc pada istilah interaksi dengan model efek campuran?
Saya sedang mengerjakan kumpulan data untuk mengevaluasi dampak pengeringan pada aktivitas mikroba sedimen. Tujuannya adalah untuk menentukan apakah dampak pengeringan bervariasi di antara jenis sedimen dan / atau kedalaman sedimen. Desain eksperimental adalah sebagai berikut: Faktor pertama Sedimen sesuai dengan tiga jenis sedimen (kode Sed1, Sed2, Sed3). Untuk setiap jenis …
1
Menguji efek simultan dan tertinggal dalam model longitudinal campuran dengan kovariat yang bervariasi waktu
Baru-baru ini saya diberitahu bahwa tidak mungkin untuk menggabungkan kovariat yang bervariasi waktu dalam model campuran longitudinal tanpa memperkenalkan jeda waktu untuk kovariat ini. Bisakah Anda mengkonfirmasi / menolak ini? Apakah Anda punya referensi tentang situasi ini? Saya mengusulkan situasi sederhana untuk mengklarifikasi. Misalkan saya telah mengulangi pengukuran (katakanlah lebih …
1
Tindakan berulang anova: lm vs lmer
Saya mencoba mereproduksi beberapa uji interaksi antara keduanya lmdan lmerpada tindakan berulang (2x2x2). Alasan saya ingin membandingkan kedua metode ini adalah karena GLM SPSS untuk tindakan berulang menghasilkan hasil yang sama persis dengan lmpendekatan yang disajikan di sini, jadi pada akhirnya saya ingin membandingkan SPSS vs R-lmer. Sejauh ini, saya …
1
Hitung prediksi efek acak secara manual untuk model campuran linier
Saya mencoba menghitung prediksi efek acak dari model campuran linier dengan tangan, dan menggunakan notasi yang diberikan oleh Wood dalam Generalized Additive Models: sebuah pengantar dengan R (pg 294 / pg 307 pdf), saya semakin bingung mengenai apa yang masing-masing parameter mewakili. Di bawah ini adalah ringkasan dari Wood. Tentukan …
1
Matriks Model untuk Model Efek Campuran
Dalam lmerfungsi di lme4dalam Rada panggilan untuk membangun model matriks efek acak, , seperti yang dijelaskan di sini , halaman 7 - 9.ZZZ Menghitung mensyaratkan KhatriRao dan / atau produk Kronecker dari dua matriks, dan X_i . J i X iZZZJiJiJ_iXiXiX_i Matriks JiJiJ_i adalah suap: "Matriks indikator indeks faktor pengelompokan", …
1
Pengujian post-hoc dalam multcomp :: glht untuk model efek-campuran (lme4) dengan interaksi
Saya melakukan tes post-hoc pada model efek campuran linear dalam R( lme4paket). Saya menggunakan multcomppaket ( glht()fungsi) untuk melakukan tes post-hoc. Desain eksperimental saya adalah tindakan berulang, dengan efek blok acak. Model ditentukan sebagai: mymod <- lmer(variable ~ treatment * time + (1|block), data = mydata, REML = TRUE) Daripada …
1
Notasi untuk pemodelan bertingkat
Formula yang perlu ditentukan untuk pelatihan model bertingkat (menggunakan lmerdari lme4 Rperpustakaan) selalu membuat saya. Saya telah membaca banyak buku pelajaran dan tutorial, tetapi tidak pernah memahaminya dengan baik. Jadi, inilah contoh dari tutorial ini yang ingin saya lihat dirumuskan dalam persamaan. Kami mencoba memodelkan frekuensi suara sebagai fungsi gender …
2
Apakah derajat kebebasan di lmerTest :: anova benar? Mereka sangat berbeda dari RM-ANOVA
Saya menganalisis hasil percobaan waktu reaksi dalam R. Saya menjalankan pengukuran ANOVA berulang (1 faktor dalam subjek dengan 2 level dan 1 antara faktor subjek dengan 2 level). Saya menjalankan model campuran linear yang sama dan saya ingin meringkas hasil lmer dalam bentuk tabel ANOVA menggunakan lmerTest::anova. Jangan salah paham: …
3
Cara mendapatkan interval kepercayaan pada perubahan populasi r-square
Demi contoh sederhana berasumsi bahwa ada dua model regresi linier Model 1 memiliki tiga prediktor, x1a, x2b, danx2c Model 2 memiliki tiga prediktor dari model 1 dan dua prediktor tambahan x2adanx2b Ada persamaan regresi populasi di mana varians populasi yang dijelaskan adalah untuk Model 1 dan untuk Model 2. Varian …
Dengan menggunakan situs kami, Anda mengakui telah membaca dan memahami Kebijakan Cookie dan Kebijakan Privasi kami.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.