Pertanyaan yang diberi tag «lme4-nlme»

Pertama izinkan saya memberi latar belakang; Saya akan meringkas pertanyaan saya di bagian akhir. Distribusi Beta, diparameterisasi dengan rata-rata μμ\mudan , memiliki , di mana adalah fungsi varians.ϕϕ\phiVar( Y) = V( μ ) / ( ϕ + 1 )Var⁡(Y)=V⁡(μ)/(ϕ+1)\operatorname{Var}(Y) = \operatorname{V}(\mu)/(\phi+1)V( μ ) = μ ( 1 - μ )V⁡(μ)=μ(1-μ)\operatorname{V}(\mu) …

8 generalized-linear-model  lme4-nlme  binomial  beta-regression  quasi-likelihood 

Apa perbedaan antara (1|DNA.concentration/mouse.id)dan (DNA.concentration|mouse.id)? Apa arti simbol |dan /makna di dalam sintaksis untuk efek acak?

8 r  lme4-nlme 

Saya ingin tahu tentang bagaimana paket lmerTest di R, khususnya fungsi "rand", menangani tes efek acak. Pertimbangkan contoh dari pdf lmerTest tentang CRAN yang menggunakan kumpulan data "wortel" bawaan : #import lme4 package and lmerTest package library(lmerTest) #lmer model with correlation between intercept and slopes #in the random part m …

8 lme4-nlme  mixed-model  likelihood-ratio 

Saya punya masalah dengan menafsirkan interaksi 2-arah dan 3-arah di lmer. DV saya adalah tinggi yang merupakan variabel kontinu. Semua IV adalah variabel kategori. Faktor pertama adalah hewan, baik tikus atau singa. Faktor kedua adalah jenis kelamin, baik pria maupun wanita. Faktor ketiga adalah warna: merah, putih, atau kuning. Saya …

8 r  interaction  interpretation  lme4-nlme 

Proyek saya saat ini mungkin mengharuskan saya untuk membuat model untuk memprediksi perilaku sekelompok orang tertentu. set data pelatihan hanya berisi 6 variabel (id hanya untuk tujuan identifikasi): id, age, income, gender, job category, monthly spend di mana monthly spendadalah variabel respon. Tetapi dataset pelatihan berisi sekitar 3 juta baris, …

8 modeling  large-data  overfitting  clustering  algorithms  error  spatial  r  regression  predictive-models  linear-model  average  measurement-error  weighted-mean  error-propagation  python  standard-error  weighted-regression  hypothesis-testing  time-series  machine-learning  self-study  arima  regression  correlation  anova  statistical-significance  excel  r  regression  distributions  statistical-significance  contingency-tables  regression  optimization  measurement-error  loss-functions  image-processing  java  panel-data  probability  conditional-probability  r  lme4-nlme  model-comparison  time-series  probability  probability  conditional-probability  logistic  multiple-regression  model-selection  r  regression  model-based-clustering  svm  feature-selection  feature-construction  time-series  forecasting  stationarity  r  distributions  bootstrap  r  distributions  estimation  maximum-likelihood  garch  references  probability  conditional-probability  regression  logistic  regression-coefficients  model-comparison  confidence-interval  r  regression  r  generalized-linear-model  outliers  robust  regression  classification  categorical-data  r  association-rules  machine-learning  distributions  posterior  likelihood  r  hypothesis-testing  normality-assumption  missing-data  convergence  expectation-maximization  regression  self-study  categorical-data  regression  simulation  regression  self-study  self-study  gamma-distribution  modeling  microarray  synthetic-data 

Desain saya adalah sebagai berikut. yyy adalah respons Bernoulli x1x1x_1 adalah variabel kontinu x2x2x_2 adalah variabel (faktor) variabel dengan dua level Eksperimen sepenuhnya dalam subjek. Artinya, setiap subjek menerima setiap kombinasi dan .x1x1x_1x2x2x_2 Ini adalah tindakan berulang yang dilakukan untuk mengatur regresi logistik. Eksperimen akan memberikan dua tawaran untuk vs …

8 r  repeated-measures  glmm  lme4-nlme 

Saya menggunakan lme4paket dalam R untuk melakukan beberapa pemodelan efek campuran logistik. Pemahaman saya adalah bahwa jumlah setiap efek acak harus nol. Ketika saya membuat mainan model linier campuran menggunakan lmer, efek acak biasanya <10−1010−1010^{-10}mengkonfirmasikan keyakinan saya bahwa colSums(ranef(model)$groups) ~ 0 But in toy model binomial (dan dalam model data …

8 r  lme4-nlme  random-effects-model  glmm 

Saya memiliki masalah dalam menemukan solusi tentang cara menjalankan tes post-hoc (Tukey HSD) setelah 2-faktor (keduanya dalam-mata pelajaran) mengukur ANOVA berulang dalam R. Untuk ANOVA, saya telah menggunakan fungsi aov: summary(aov(dv ~ x1 * x2 + Error(subject/(x1*x2)), data=df1)) Setelah membaca jawaban untuk pertanyaan lain, saya mengumpulkan bahwa saya pertama-tama harus …

8 r  anova  repeated-measures  post-hoc  tukey-hsd  goodness-of-fit  curve-fitting  sem  latent-variable  mplus  anova  post-hoc  tukey-hsd  markov-process  image-processing  r  time-series  causality  granger-causality  anova  mixed-model  lme4-nlme  random-effects-model  r  matlab  data-transformation  multinomial  notation  estimation  nonparametric  logistic  r  missing-data  multiple-imputation  mice 

Saya memiliki 2 faktor Adan B(5 × 3) dan satu kovariat Xdalam desain subjek. Inilah cara saya menentukan keseluruhan model saya: lme.out = lme(y~ A*B*X, random=~1|Subject, data=mydata) Interpretasi saya adalah bahwa saya melihat grafik y~x, di mana kemiringan berubah karena kovariat, dan garis bergeser ke atas atau ke bawah berdasarkan …

8 repeated-measures  interaction  lme4-nlme  contrasts  predictor 

Pembaruan : Karena saya sekarang tahu bahwa masalah saya disebut pemisahan semu-lengkap, saya memperbarui pertanyaan untuk mencerminkan hal ini (terima kasih kepada Aaron). Saya memiliki dataset dari percobaan di mana 29 peserta manusia (faktor code) bekerja pada satu set uji coba dan responseitu adalah 1 atau 0. Selain itu, kami …

8 r  logistic  standard-error  lme4-nlme  separation 

Saya mencoba mendapatkan prediksi untuk pengamatan dari objek lme. Ini seharusnya cukup mudah. Namun, karena saya mendapatkan berbagai jenis kesalahan untuk uji coba yang berbeda, menurut saya saya kehilangan sesuatu. Model saya adalah sebagai berikut: model <- lme(log(child_mortality) ~ as.factor(cluster)*time + my.new.time.one.transition.low.and.middle + ttd + maternal_educ+ log(IHME_id_gdppc) + hiv_prev-1, merged0,na.action=na.omit,method="ML",weights=varPower(form=~time), …

8 r  mixed-model  multilevel-analysis  prediction  lme4-nlme 

Misalkan A adalah faktor tetap dan B adalah faktor acak. A dan B dilintasi. Faktor acak C lainnya bersarang di B. Mempertimbangkan interaksi AB dan AC, bagaimana saya harus menyesuaikan model dengan menggunakan fungsi lme dalam paket nlme? Terima kasih.

8 r  mixed-model  lme4-nlme 

Saya telah membaca bahwa distribusi untuk estimator efek acak di lme4 sangat miring dan untuk alasan ini kesalahan standar tidak dilaporkan. Saya ingin tahu apakah ada yang bisa memberikan referensi untuk ini? Saya memiliki akses ke buku karya Bates dan Pinherio, tetapi tidak untuk Raudenbush dan Bryk. Makalah yang diterbitkan …

8 estimation  mixed-model  lme4-nlme 

Saya sedang mengerjakan kumpulan data untuk mengevaluasi dampak pengeringan pada aktivitas mikroba sedimen. Tujuannya adalah untuk menentukan apakah dampak pengeringan bervariasi di antara jenis sedimen dan / atau kedalaman sedimen. Desain eksperimental adalah sebagai berikut: Faktor Sedimen pertama sesuai dengan tiga jenis sedimen (kode Sed1 , Sed2 , Sed3 ). …

8 r  experiment-design  lme4-nlme  split-plot