Pertanyaan yang diberi tag «false-discovery-rate»

Benjamini dan Hochberg mengembangkan metode pertama (dan masih paling banyak digunakan, saya pikir) untuk mengendalikan tingkat penemuan palsu (FDR). Saya ingin memulai dengan sekelompok nilai P, masing-masing untuk perbandingan yang berbeda, dan memutuskan mana yang cukup rendah untuk disebut "penemuan", mengendalikan FDR ke nilai yang ditentukan (katakanlah 10%). Salah satu …

36 multiple-comparisons  non-independent  false-discovery-rate 

Program statistik saya mengimplementasikan prosedur Benjamini & Hochberg (1995) dan Benjamini & Yekutieli (2001) salah. Saya telah melakukan yang terbaik untuk membaca makalah selanjutnya, tetapi secara matematis cukup padat dan saya tidak cukup yakin saya memahami perbedaan antara prosedur. Saya dapat melihat dari kode yang mendasari dalam program statistik saya …

34 post-hoc  false-discovery-rate 

Saya telah mencoba untuk membungkus kepala saya di sekitar bagaimana False Discovery Rate (FDR) harus menginformasikan kesimpulan dari masing-masing peneliti. Misalnya, jika studi Anda kurang bertenaga, haruskah Anda mendiskon hasil Anda meskipun signifikan pada α=.05α=.05\alpha = .05 ? Catatan: Saya sedang berbicara tentang FDR dalam konteks memeriksa hasil beberapa studi …

30 statistical-significance  p-value  publication-bias  false-discovery-rate 

Kita tahu bahwa kita harus menerapkan koreksi seperti Benjamini Hochberg untuk pengujian hipotesis berganda untuk eksperimen yang didasarkan pada satu set data tunggal, untuk mengendalikan laju penemuan palsu, jika tidak semua eksperimen yang memberikan hasil positif bisa salah. Tapi mengapa kita tidak menerapkan prinsip yang sama ini untuk semua percobaan …

24 hypothesis-testing  multiple-comparisons  bonferroni  false-discovery-rate 

Pertanyaan ini telah ditanyakan sebelumnya di sini dan di sini tetapi saya tidak berpikir jawabannya menjawab pertanyaan secara langsung. Apakah penelitian yang kurang bertenaga telah meningkatkan kemungkinan positif palsu? Beberapa artikel berita membuat pernyataan ini. Sebagai contoh : Kekuatan statistik yang rendah adalah berita buruk. Studi underpowered lebih cenderung melewatkan …

23 hypothesis-testing  power  false-discovery-rate 

Kutipan berikut berasal dari makalah penelitian terkenal Statistik signifikansi untuk studi luas genom oleh Storey & Tibshirani (2003): Sebagai contoh, tingkat positif palsu 5% berarti bahwa rata-rata 5% dari fitur yang benar-benar nol dalam penelitian akan disebut signifikan. FDR (False Discovery rate) 5% berarti bahwa di antara semua fitur yang …

20 hypothesis-testing  false-discovery-rate  type-i-and-ii-errors  confusion-matrix  false-positive-rate 

Saya telah membaca makalah hebat ini oleh David Colquhoun: Investigasi tingkat penemuan yang salah dan salah tafsir dari nilai-p (2014). Intinya, ia menjelaskan mengapa false discovery rate (FDR) bisa setinggi meskipun kami mengontrol kesalahan tipe I dengan α = 0,05 .30 %30%30\%α = 0,05α=0,05\alpha=0.05 Namun saya masih bingung apa yang …

19 hypothesis-testing  statistical-significance  p-value  multiple-comparisons  false-discovery-rate 

Dalam literatur tingkat kesalahan keluarga (FWER) dan false discovery rate (FDR), metode tertentu untuk mengendalikan FWER atau FDR dikatakan sesuai untuk tes dependen atau independen. Sebagai contoh, dalam makalah 1979 "Prosedur Tes Multi Tolak Berurutan Sederhana", Holm menulis untuk membandingkan langkah-langkahnya Šidák metode versus langkah-langkahnya metode kontrol Bonferroni: Kesederhanaan komputasi …

18 multiple-comparisons  independence  non-independent  familywise-error  false-discovery-rate 

Saya telah membaca bahwa mengendalikan FDR tidak seketat mengendalikan FWER, seperti di Wikipedia : Prosedur pengendalian FDR memberikan kontrol yang kurang ketat terhadap penemuan palsu dibandingkan dengan prosedur tingkat kesalahan keluarga (FWER) (seperti koreksi Bonferroni). Ini meningkatkan daya dengan biaya meningkatkan tingkat kesalahan tipe I, yaitu, menolak hipotesis nol yang …

16 hypothesis-testing  multiple-comparisons  false-discovery-rate 

Tes permutasi (juga disebut tes pengacakan, uji pengacakan ulang, atau tes yang tepat) sangat berguna dan berguna ketika asumsi distribusi normal yang diperlukan misalnya, t-testtidak terpenuhi dan ketika transformasi nilai dengan peringkat dari tes non-parametrik seperti Mann-Whitney-U-testakan menyebabkan lebih banyak informasi hilang. Namun, satu dan hanya satu asumsi yang tidak …

15 hypothesis-testing  permutation-test  exchangeability  r  statistical-significance  loess  data-visualization  normal-distribution  pdf  ggplot2  kernel-smoothing  probability  self-study  expected-value  normal-distribution  prior  correlation  time-series  regression  heteroscedasticity  estimation  estimators  fisher-information  data-visualization  repeated-measures  binary-data  panel-data  mathematical-statistics  coefficient-of-variation  normal-distribution  order-statistics  regression  machine-learning  one-class  probability  estimators  forecasting  prediction  validation  finance  measurement-error  variance  mean  spatial  monte-carlo  data-visualization  boxplot  sampling  uniform  chi-squared  goodness-of-fit  probability  mixture  theory  gaussian-mixture  regression  statistical-significance  p-value  bootstrap  regression  multicollinearity  correlation  r  poisson-distribution  survival  regression  categorical-data  ordinal-data  ordered-logit  regression  interaction  time-series  machine-learning  forecasting  cross-validation  binomial  multiple-comparisons  simulation  false-discovery-rate  r  clustering  frequency  wilcoxon-mann-whitney  wilcoxon-signed-rank  r  svm  t-test  missing-data  excel  r  numerical-integration  r  random-variable  lme4-nlme  mixed-model  weighted-regression  power-law  errors-in-variables  machine-learning  classification  entropy  information-theory  mutual-information 

Apakah ada cara sederhana untuk menjelaskan mengapa prosedur Benjamini dan Hochberg (1995) benar-benar mengendalikan laju penemuan palsu (FDR)? Prosedur ini sangat elegan dan ringkas, namun bukti mengapa itu bekerja di bawah independensi (muncul dalam lampiran makalah 1995 mereka ) tidak sangat mudah diakses.

14 intuition  false-discovery-rate  teaching 

Saya mengerti prosedur dan apa yang dikontrolnya. Jadi apa rumus untuk nilai-p yang disesuaikan dalam prosedur BH untuk beberapa perbandingan? Baru saja saya menyadari bahwa BH asli tidak menghasilkan nilai p yang disesuaikan, hanya menyesuaikan kondisi penolakan (non): https://www.jstor.org/stable/2346101 . Gordon Smyth memperkenalkan nilai p BH yang disesuaikan pada tahun …

14 hypothesis-testing  p-value  multiple-comparisons  false-discovery-rate 

Adakah yang bisa menjelaskan bagaimana prosedur FDR dapat memperkirakan FDR tanpa model / asumsi tingkat dasar positif sebenarnya?

9 false-discovery-rate 

Saya memiliki kumpulan data di mana saya menguji perbedaan yang signifikan antara tiga populasi sehubungan dengan sekitar 50 variabel yang berbeda. Saya melakukan ini menggunakan tes Kruskal-Wallis, di satu sisi, dan dengan uji rasio kemungkinan cocok model GLM bersarang (dengan dan tanpa populasi sebagai variabel independen), di sisi lain. Sebagai …

9 chi-squared  multiple-comparisons  likelihood-ratio  kruskal-wallis  false-discovery-rate 

Saya memiliki tabel tiga dimensi ukuran . Setiap sel tabel adalah tes hipotesis. Mengiris tabel pada dimensi ketiga menghasilkan set tes hipotesis yang independen antara set tetapi tergantung dalam set. Awalnya saya berpikir bahwa saya hanya bisa mengendalikan tingkat penemuan palsu menggunakan prosedur Benjamini-Hochberg pada semua tes hipotesis secara bersamaan. …

9 multiple-comparisons  false-discovery-rate