Pertanyaan yang diberi tag «mixed-model»

Saya telah menggunakan MCMCglmmpaket baru-baru ini. Saya bingung dengan apa yang disebut dalam dokumentasi sebagai struktur-R dan struktur-G. Ini tampaknya berhubungan dengan efek acak - khususnya menentukan parameter untuk distribusi sebelumnya, tetapi diskusi dalam dokumentasi tampaknya mengasumsikan bahwa pembaca tahu apa istilah-istilah ini. Sebagai contoh: daftar opsional spesifikasi sebelumnya yang …

16 r  bayesian  mixed-model  lme4-nlme 

Halo guru statistik dan ahli pemrograman R, Saya tertarik dalam memodelkan tangkapan hewan sebagai fungsi dari kondisi lingkungan dan hari dalam setahun. Sebagai bagian dari penelitian lain, saya memiliki jumlah tangkapan pada ~ 160 hari selama tiga tahun. Pada setiap hari ini saya memiliki suhu, curah hujan, kecepatan angin, kelembaban …

16 r  mixed-model  autocorrelation  bugs  panel-data 

Berbagai deskripsi tentang pemilihan model pada efek acak dari Linear Mixed Models memerintahkan untuk menggunakan REML. Saya tahu perbedaan antara REML dan ML pada tingkat tertentu, tetapi saya tidak mengerti mengapa REML harus digunakan karena ML bias. Misalnya, apakah salah menjalankan LRT pada parameter varians dari model distribusi normal menggunakan …

16 mixed-model  maximum-likelihood  unbiased-estimator  likelihood-ratio  reml 

Dengan variabel yang diprediksi (P), efek acak (R) dan efek tetap (F), orang dapat memuat dua * model efek campuran ( sintaks lme4 ): m1 = lmer( P ~ (1|R) + F ) m2 = lmer( P ~ (1+F|R) + F) Seperti yang saya pahami, model kedua adalah model yang …

16 mixed-model 

Katakanlah kita punya model mod <- Y ~ X*Condition + (X*Condition|subject) # Y = logit variable # X = continuous variable # Condition = values A and B, dummy coded; the design is repeated # so all participants go through both Conditions # subject = random effects for different subjects …

16 mixed-model  lme4-nlme  overfitting  singular 

Saya telah membaca berkali-kali bahwa efek acak (BLUP / mode kondisional untuk, katakanlah, subjek) bukan parameter dari model efek campuran linier tetapi sebaliknya dapat diturunkan dari estimasi varians / parameter kovarian. Misalnya Reinhold Kliegl et al. (2011) menyatakan: Efek acak adalah penyimpangan subjek dari grand mean RT dan penyimpangan subyek …

15 mixed-model  intuition  blup 

Saya mencoba menggunakan lme4::glmer()agar sesuai dengan model campuran binomial umum (GLMM) dengan variabel dependen yang bukan biner, tetapi variabel kontinu antara nol dan satu. Orang dapat menganggap variabel ini sebagai probabilitas; sebenarnya itu adalah probabilitas sebagaimana dilaporkan oleh subyek manusia (dalam percobaan yang saya bantu analisis). Yaitu itu bukan fraksi …

15 r  logistic  mixed-model  glmm  lme4-nlme 

Pertanyaan CV Saya mencoba memberikan (a) representasi matematis yang terperinci dan ringkas dari model efek campuran. Saya menggunakan lme4paket dalam R. Apa representasi matematika yang benar untuk model saya? Data, Pertanyaan Sains, dan Kode R Kumpulan data saya terdiri dari spesies di berbagai daerah. Saya sedang menguji apakah prevalensi suatu …

15 r  mixed-model  multilevel-analysis  lme4-nlme 

Dalam model efek campuran, rekomendasinya adalah menggunakan efek tetap untuk memperkirakan parameter jika semua level yang memungkinkan dimasukkan (misalnya, pria dan wanita). Lebih lanjut direkomendasikan untuk menggunakan efek acak untuk menjelaskan variabel jika level yang dimasukkan hanya sampel acak dari populasi (pasien yang terdaftar dari semesta kemungkinan pasien) dan Anda …

15 mixed-model  random-effects-model  fixed-effects-model  many-categories 

Tes permutasi (juga disebut tes pengacakan, uji pengacakan ulang, atau tes yang tepat) sangat berguna dan berguna ketika asumsi distribusi normal yang diperlukan misalnya, t-testtidak terpenuhi dan ketika transformasi nilai dengan peringkat dari tes non-parametrik seperti Mann-Whitney-U-testakan menyebabkan lebih banyak informasi hilang. Namun, satu dan hanya satu asumsi yang tidak …

15 hypothesis-testing  permutation-test  exchangeability  r  statistical-significance  loess  data-visualization  normal-distribution  pdf  ggplot2  kernel-smoothing  probability  self-study  expected-value  normal-distribution  prior  correlation  time-series  regression  heteroscedasticity  estimation  estimators  fisher-information  data-visualization  repeated-measures  binary-data  panel-data  mathematical-statistics  coefficient-of-variation  normal-distribution  order-statistics  regression  machine-learning  one-class  probability  estimators  forecasting  prediction  validation  finance  measurement-error  variance  mean  spatial  monte-carlo  data-visualization  boxplot  sampling  uniform  chi-squared  goodness-of-fit  probability  mixture  theory  gaussian-mixture  regression  statistical-significance  p-value  bootstrap  regression  multicollinearity  correlation  r  poisson-distribution  survival  regression  categorical-data  ordinal-data  ordered-logit  regression  interaction  time-series  machine-learning  forecasting  cross-validation  binomial  multiple-comparisons  simulation  false-discovery-rate  r  clustering  frequency  wilcoxon-mann-whitney  wilcoxon-signed-rank  r  svm  t-test  missing-data  excel  r  numerical-integration  r  random-variable  lme4-nlme  mixed-model  weighted-regression  power-law  errors-in-variables  machine-learning  classification  entropy  information-theory  mutual-information 

Salah satu masalah yang selalu saya alami dengan model campuran adalah mencari tahu visualisasi data - dari jenis yang bisa berakhir di kertas atau poster - setelah seseorang mendapatkan hasilnya. Saat ini, saya sedang mengerjakan model efek campuran Poisson dengan formula yang terlihat seperti berikut: a <- glmer(counts ~ X …

15 r  data-visualization  mixed-model 

Saya punya pertanyaan tentang penggunaan variabel pengelompokan dalam model non-linear. Karena fungsi nls () tidak memungkinkan untuk variabel faktor, saya telah berjuang untuk mencari tahu apakah seseorang dapat menguji efek dari faktor pada model fit. Saya telah memasukkan contoh di bawah ini di mana saya ingin mencocokkan model pertumbuhan "musiman …

15 r  mixed-model  nls 

Saya cukup akrab dengan model efek campuran (MEM), tetapi seorang rekan baru-baru ini bertanya kepada saya bagaimana perbandingannya dengan model pertumbuhan laten (LGM). Saya melakukan sedikit googling, dan tampaknya LGM adalah varian pemodelan persamaan struktural yang diterapkan pada keadaan di mana pengukuran berulang diperoleh dalam setiap level setidaknya satu efek …

15 mixed-model  panel-data 

Saya memiliki percobaan yang akan saya coba abstraksi di sini. Bayangkan saya melemparkan tiga batu putih di depan Anda dan meminta Anda untuk menilai posisi mereka. Saya mencatat berbagai sifat batu dan respons Anda. Saya melakukan ini pada sejumlah mata pelajaran. Saya menghasilkan dua model. Satu adalah bahwa batu terdekat …

15 r  mixed-model  model-selection 

Saya ingin mencocokkan output dari lmer (benar-benar glmer) dengan contoh binomial mainan. Saya sudah membaca sketsa dan yakin saya mengerti apa yang sedang terjadi. Tapi ternyata saya tidak. Setelah macet, saya memperbaiki "kebenaran" dalam hal efek acak dan pergi setelah memperkirakan efek tetap saja. Saya memasukkan kode ini di bawah. …

15 r  mixed-model  optimization  lme4-nlme