Pertanyaan yang diberi tag «microarray»

Saya menggunakan algoritma hutan acak sebagai penggolong kuat dari dua kelompok dalam studi microarray dengan ribuan fitur. Apa cara terbaik untuk menyajikan hutan acak sehingga ada cukup informasi untuk membuatnya dapat diproduksi ulang di kertas? Apakah ada metode plot dalam R untuk benar-benar plot pohon, jika ada sejumlah kecil fitur? …

75 r  machine-learning  classification  random-forest  microarray 

In gene expression studies using microarrays, intensity data has to be normalized so that intensities can be compared between individuals, between genes. Conceptually, and algorithmically, how does "quantile normalization" work, and how would you explain this to a non-statistician?

15 genetics  normalization  microarray 

Semoga seseorang di forum ini dapat membantu saya mengatasi masalah mendasar ini dalam studi ekspresi gen. Saya melakukan sekuensing dalam jaringan eksperimental dan kontrol. Saya kemudian memperoleh nilai pengayaan lipat gen dalam sampel eksperimental alih kontrol. Genom referensi memiliki ~ 15.000 gen. 3.000 dari 15.000 gen diperkaya di atas batas …

13 r  genetics  bioinformatics  microarray  biostatistics 

Catatan: pertanyaan ini adalah repost, karena pertanyaan saya sebelumnya harus dihapus karena alasan hukum. Sambil membandingkan PROC CAMPURAN dari SAS dengan fungsi lmedari nlmepaket di R, saya menemukan beberapa perbedaan yang agak membingungkan. Lebih khusus lagi, derajat kebebasan dalam berbagai tes berbeda antara PROC MIXEDdan lme, dan saya bertanya-tanya mengapa. …

12 r  mixed-model  sas  degrees-of-freedom  pdf  unbiased-estimator  distance-functions  functional-data-analysis  hellinger  time-series  outliers  c++  relative-risk  absolute-risk  rare-events  regression  t-test  multiple-regression  survival  teaching  multiple-regression  regression  self-study  t-distribution  machine-learning  recommender-system  self-study  binomial  standard-deviation  data-visualization  r  predictive-models  pearson-r  spearman-rho  r  regression  modeling  r  categorical-data  data-visualization  ggplot2  many-categories  machine-learning  cross-validation  weka  microarray  variance  sampling  monte-carlo  regression  cross-validation  model-selection  feature-selection  elastic-net  distance-functions  information-theory  r  regression  mixed-model  random-effects-model  fixed-effects-model  dataset  data-mining 

Cangkok berikut diambil dari artikel ini . Saya pemula untuk bootstrap dan mencoba mengimplementasikan bootstrap parametrik, semiparametrik, dan nonparametrik untuk model campuran linier dengan R bootpaket. Kode R Ini Rkode saya : library(SASmixed) library(lme4) library(boot) fm1Cult <- lmer(drywt ~ Inoc + Cult + (1|Block) + (1|Cult), data=Cultivation) fixef(fm1Cult) boot.fn <- …

9 r  mixed-model  bootstrap  central-limit-theorem  stable-distribution  time-series  hypothesis-testing  markov-process  r  correlation  categorical-data  association-measure  meta-analysis  r  anova  confidence-interval  lm  r  bayesian  multilevel-analysis  logit  regression  logistic  least-squares  eda  regression  notation  distributions  random-variable  expected-value  distributions  markov-process  hidden-markov-model  r  variance  group-differences  microarray  r  descriptive-statistics  machine-learning  references  r  regression  r  categorical-data  random-forest  data-transformation  data-visualization  interactive-visualization  binomial  beta-distribution  time-series  forecasting  logistic  arima  beta-regression  r  time-series  seasonality  large-data  unevenly-spaced-time-series  correlation  statistical-significance  normalization  population  group-differences  demography 

Proyek saya saat ini mungkin mengharuskan saya untuk membuat model untuk memprediksi perilaku sekelompok orang tertentu. set data pelatihan hanya berisi 6 variabel (id hanya untuk tujuan identifikasi): id, age, income, gender, job category, monthly spend di mana monthly spendadalah variabel respon. Tetapi dataset pelatihan berisi sekitar 3 juta baris, …

8 modeling  large-data  overfitting  clustering  algorithms  error  spatial  r  regression  predictive-models  linear-model  average  measurement-error  weighted-mean  error-propagation  python  standard-error  weighted-regression  hypothesis-testing  time-series  machine-learning  self-study  arima  regression  correlation  anova  statistical-significance  excel  r  regression  distributions  statistical-significance  contingency-tables  regression  optimization  measurement-error  loss-functions  image-processing  java  panel-data  probability  conditional-probability  r  lme4-nlme  model-comparison  time-series  probability  probability  conditional-probability  logistic  multiple-regression  model-selection  r  regression  model-based-clustering  svm  feature-selection  feature-construction  time-series  forecasting  stationarity  r  distributions  bootstrap  r  distributions  estimation  maximum-likelihood  garch  references  probability  conditional-probability  regression  logistic  regression-coefficients  model-comparison  confidence-interval  r  regression  r  generalized-linear-model  outliers  robust  regression  classification  categorical-data  r  association-rules  machine-learning  distributions  posterior  likelihood  r  hypothesis-testing  normality-assumption  missing-data  convergence  expectation-maximization  regression  self-study  categorical-data  regression  simulation  regression  self-study  self-study  gamma-distribution  modeling  microarray  synthetic-data 

Saya telah melakukan percobaan untuk mempelajari respons ragi (yang mengandung 5.000 gen) terhadap stres akibat sengatan panas. Saya memiliki satu daftar 48 gen yang diekspresikan berlebih pada 37ºC dan daftar lain dari 145 gen yang diekspresikan berlebih pada 42ºC. Ada 38 gen yang diekspresikan berlebih di keduanya. Secara kebetulan saya …

8 statistical-significance  microarray 

Saya telah melihat beberapa pertanyaan tentang pengelompokan dalam deret waktu dan khususnya pada pengelompokan, tetapi saya tidak berpikir mereka menjawab pertanyaan saya. Latar Belakang: Saya ingin mengelompokkan gen dalam percobaan kursus waktu dalam ragi. Ada empat titik waktu mengatakan: t1 t2 t3 dan t4 dan jumlah gen G . Saya …

8 r  machine-learning  clustering  microarray