Pertanyaan yang diberi tag «bioinformatics»

Saya mencari sumber daya (tutorial, buku teks, webcast, dll) untuk belajar tentang Markov Chain dan HMMs. Latar belakang saya adalah sebagai ahli biologi, dan saya saat ini terlibat dalam proyek yang berhubungan dengan bioinformatika. Juga, apa latar belakang matematika yang perlu saya perlu memiliki pemahaman yang memadai tentang model Markov …

57 references  markov-process  hidden-markov-model  bioinformatics 

Saya bertanya-tanya apakah itu membuat perbedaan dalam interpretasi apakah hanya dependen, baik dependen dan independen, atau hanya variabel independen yang ditransformasikan log. Pertimbangkan kasus log(DV) = Intercept + B1*IV + Error Saya bisa menafsirkan IV sebagai peningkatan persen tetapi bagaimana ini berubah ketika saya punya log(DV) = Intercept + B1*log(IV) …

46 regression  data-transformation  interpretation  regression-coefficients  logarithm  r  dataset  stata  hypothesis-testing  contingency-tables  hypothesis-testing  statistical-significance  standard-deviation  unbiased-estimator  t-distribution  r  functional-data-analysis  maximum-likelihood  bootstrap  regression  change-point  regression  sas  hypothesis-testing  bayesian  randomness  predictive-models  nonparametric  terminology  parametric  correlation  effect-size  loess  mean  pdf  quantile-function  bioinformatics  regression  terminology  r-squared  pdf  maximum  multivariate-analysis  references  data-visualization  r  pca  r  mixed-model  lme4-nlme  distributions  probability  bayesian  prior  anova  chi-squared  binomial  generalized-linear-model  anova  repeated-measures  t-test  post-hoc  clustering  variance  probability  hypothesis-testing  references  binomial  profile-likelihood  self-study  excel  data-transformation  skewness  distributions  statistical-significance  econometrics  spatial  r  regression  anova  spss  linear-model 

Distribusi binomial negatif (NB) didefinisikan pada bilangan bulat non-negatif dan memiliki fungsi massa probabilitas f(k;r,p)=(k+r−1k)pk(1−p)r.f(k;r,p)=(k+r−1k)pk(1−p)r.f(k;r,p)={\binom {k+r-1}{k}}p^{k}(1-p)^{r}.Apakah masuk akal untuk mempertimbangkan distribusi kontinu pada real non-negatif yang didefinisikan oleh rumus yang sama (mengganti k∈N0k∈N0k\in \mathbb N_0 oleh x∈R≥0x∈R≥0x\in\mathbb R_{\ge 0} )? Koefisien binomial dapat ditulis ulang sebagai produk dari (k+1)⋅…⋅(k+r−1)(k+1)⋅…⋅(k+r−1)(k+1)\cdot\ldots\cdot(k+r-1) , …

24 distributions  negative-binomial  count-data  continuous-data  bioinformatics 

Saya tahu pertanyaan / judul saya tidak terlalu spesifik, jadi saya akan mencoba menjelaskannya: Jaringan saraf tiruan memiliki desain yang relatif ketat. Tentu saja, secara umum, mereka dipengaruhi oleh biologi dan mencoba untuk membangun model matematika dari jaringan saraf nyata, tetapi pemahaman kita tentang jaringan saraf nyata tidak cukup untuk …

24 machine-learning  neural-networks  bioinformatics  artificial-intelligence  neuroscience 

Baru-baru ini, saya membaca dua artikel. Yang pertama adalah tentang sejarah korelasi dan yang kedua adalah tentang metode baru yang disebut Maximal Information Coefficient (MIC). Saya butuh bantuan Anda untuk memahami metode MIC untuk memperkirakan korelasi non-linear antara variabel. Selain itu, Instruksi penggunaannya dalam R dapat ditemukan di situs web …

20 correlation  nonparametric  bioinformatics  information-theory  mutual-information 

Saya memiliki set data uji yang sangat tidak seimbang. Set positif terdiri dari 100 kasus sedangkan set negatif terdiri dari 1500 kasus. Di sisi pelatihan, saya memiliki kelompok kandidat yang lebih besar: kelompok pelatihan positif memiliki 1.200 kasus dan kelompok pelatihan negatif memiliki 12.000 kasus. Untuk skenario seperti ini, saya …

16 machine-learning  classification  data-mining  svm  bioinformatics 

Distribusi binomial negatif telah menjadi model yang populer untuk menghitung data (khususnya jumlah sekuens yang diharapkan dibaca dalam wilayah genom tertentu dari percobaan yang diberikan) dalam bioinformatika. Penjelasannya bervariasi: Beberapa menjelaskannya sebagai sesuatu yang bekerja seperti distribusi Poisson tetapi memiliki parameter tambahan, memungkinkan lebih banyak kebebasan untuk memodelkan distribusi yang …

16 poisson-distribution  negative-binomial  bioinformatics  sequence-analysis 

Ini adalah pertanyaan naif dari seseorang yang mulai belajar belajar mesin. Saya membaca hari ini buku "Pembelajaran Mesin: Perspektif algoritmik" dari Marsland. Saya merasa buku ini bermanfaat sebagai pengantar, tetapi sekarang saya ingin membahas algoritma canggih, yang saat ini memberikan hasil terbaik. Saya sebagian besar tertarik pada bioinformatika: pengelompokan jaringan …

14 machine-learning  clustering  bioinformatics 

Saya baru saja lulus dengan gelar magister saya pada pemodelan medis dan biologi, disertai dengan matematika teknik sebagai latar belakang. Meskipun program pendidikan saya mencakup sejumlah besar kursus statistik matematika (lihat di bawah untuk daftar), yang saya kelola dengan nilai yang cukup tinggi, saya sering kali benar-benar kehilangan pandangan pada …

13 mathematical-statistics  bioinformatics  computational-statistics 

Semoga seseorang di forum ini dapat membantu saya mengatasi masalah mendasar ini dalam studi ekspresi gen. Saya melakukan sekuensing dalam jaringan eksperimental dan kontrol. Saya kemudian memperoleh nilai pengayaan lipat gen dalam sampel eksperimental alih kontrol. Genom referensi memiliki ~ 15.000 gen. 3.000 dari 15.000 gen diperkaya di atas batas …

13 r  genetics  bioinformatics  microarray  biostatistics 

Latar Belakang Biologis Seiring waktu, beberapa spesies tanaman cenderung menggandakan seluruh genomnya, mendapatkan salinan tambahan dari setiap gen. Karena ketidakstabilan pengaturan ini, banyak dari gen-gen ini kemudian dihapus, dan genom menata ulang dirinya sendiri dan menjadi stabil, siap untuk digandakan lagi. Peristiwa duplikasi ini dikaitkan dengan peristiwa spesiasi dan invasi, …

11 generalized-linear-model  contingency-tables  fishers-exact  genetics  bioinformatics 

Mengapa seseorang menggunakan usia dan usia-kuadrat sebagai kovariat dalam studi asosiasi genetik? Saya dapat memahami penggunaan usia jika telah diidentifikasi sebagai kovariat yang signifikan, tetapi saya bingung dengan penggunaan kuadrat-usia.

11 multiple-regression  polynomial  predictor  bioinformatics  genetics 

Saya memiliki GLMM formulir: lmer(present? ~ factor1 + factor2 + continuous + factor1*continuous + (1 | factor3), family=binomial) Ketika saya menggunakan drop1(model, test="Chi"), saya mendapatkan hasil yang berbeda daripada jika saya menggunakan Anova(model, type="III")dari paket mobil atau summary(model). Dua yang terakhir ini memberikan jawaban yang sama. Menggunakan banyak data yang …

10 r  anova  glmm  r  mixed-model  bootstrap  sample-size  cross-validation  roc  auc  sampling  stratification  random-allocation  logistic  stata  interpretation  proportion  r  regression  multiple-regression  linear-model  lm  r  cross-validation  cart  rpart  logistic  generalized-linear-model  econometrics  experiment-design  causality  instrumental-variables  random-allocation  predictive-models  data-mining  estimation  contingency-tables  epidemiology  standard-deviation  mean  ancova  psychology  statistical-significance  cross-validation  synthetic-data  poisson-distribution  negative-binomial  bioinformatics  sequence-analysis  distributions  binomial  classification  k-means  distance  unsupervised-learning  euclidean  correlation  chi-squared  spearman-rho  forecasting  excel  exponential-smoothing  binomial  sample-size  r  change-point  wilcoxon-signed-rank  ranks  clustering  matlab  covariance  covariance-matrix  normal-distribution  simulation  random-generation  bivariate  standardization  confounding  z-statistic  forecasting  arima  minitab  poisson-distribution  negative-binomial  poisson-regression  overdispersion  probability  self-study  markov-process  estimation  maximum-likelihood  classification  pca  group-differences  chi-squared  survival  missing-data  contingency-tables  anova  proportion 

Kami selalu mengatakan bahwa statistik hanya berurusan dengan data. Tetapi kita juga tahu bahwa informatika juga mendapatkan pengetahuan dari analisis data. Sebagai contoh, orang-orang bioinformatika dapat sepenuhnya pergi tanpa biostatistik. Saya ingin tahu apa perbedaan mendasar antara statistik dan informatika.

10 bioinformatics 

Contoh: Saya memiliki kalimat dalam deskripsi pekerjaan: "Java senior engineer in UK". Saya ingin menggunakan model pembelajaran yang mendalam untuk memperkirakannya sebagai 2 kategori: English dan IT jobs. Jika saya menggunakan model klasifikasi tradisional, hanya dapat memprediksi 1 label dengan softmaxfungsi di lapisan terakhir. Dengan demikian, saya dapat menggunakan 2 …

9 machine-learning  deep-learning  natural-language  tensorflow  sampling  distance  non-independent  application  regression  machine-learning  logistic  mixed-model  control-group  crossover  r  multivariate-analysis  ecology  procrustes-analysis  vegan  regression  hypothesis-testing  interpretation  chi-squared  bootstrap  r  bioinformatics  bayesian  exponential  beta-distribution  bernoulli-distribution  conjugate-prior  distributions  bayesian  prior  beta-distribution  covariance  naive-bayes  smoothing  laplace-smoothing  distributions  data-visualization  regression  probit  penalized  estimation  unbiased-estimator  fisher-information  unbalanced-classes  bayesian  model-selection  aic  multiple-regression  cross-validation  regression-coefficients  nonlinear-regression  standardization  naive-bayes  trend  machine-learning  clustering  unsupervised-learning  wilcoxon-mann-whitney  z-score  econometrics  generalized-moments  method-of-moments  machine-learning  conv-neural-network  image-processing  ocr  machine-learning  neural-networks  conv-neural-network  tensorflow  r  logistic  scoring-rules  probability  self-study  pdf  cdf  classification  svm  resampling  forecasting  rms  volatility-forecasting  diebold-mariano  neural-networks  prediction-interval  uncertainty